| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 839,555 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 839,556 | 0 | G | C | 100.0% | 492.4 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (95/115); total (95/115) | |||||||||||
| * | CP042583 | 839,557 | 0 | C | G | 99.5% | 493.3 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (94/114); total (95/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
GATTGAACGCGGTAAATTTCGCAGTCTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTAGCCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATAGCATGCTCGACACCATTAACAGCCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGAGCGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCAACTCCATTACTGATTACCACAGCCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCTG > CP042583/839275‑839836 ||| gATTGAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATCAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCAGTAACTcccgccc > 2:274379/1‑287 (MQ=255) aTTGAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGCCCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGccac < 2:1754131/288‑1 (MQ=255) gAACGCGTTAACTTTCGGACCCTGAGGATGGTTAATTGGAACGGGTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGAGGAGGTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCAGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACGACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAgc < 2:378857/289‑1 (MQ=255) gAACGCGGTAAATTTCGCTCACTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAgc > 1:181262/1‑289 (MQ=255) 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cATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCAACTCCATTACTGATTACCACTCGCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCTg < 1:1791388/289‑1 (MQ=255) ||| GATTGAACGCGGTAAATTTCGCAGTCTGACGCTGATTAACTGGAACGGCTTTTTTGCCCGAACTTTTGACCTTGACGAGCTGGTCACGACGCTTTCTGGCGGTAACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTAGCCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATAGCATGCTCGACACCATTAACAGCCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGAGCGTGCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCAACTCCATTACTGATTACCACAGCCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCTG > CP042583/839275‑839836 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |