Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 848,880 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 848,880 | 0 | A | T | 99.6% | 612.9 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 848,881 | 0 | C | G | 99.6% | 604.8 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (128/127); total (131/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 848,882 | 0 | T | A | 100.0% | 619.5 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (131/127); total (131/127) |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
ATCGGCCAGGCCCAGAATCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCACTACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGCCCACTTCAAAGTAGTTCACCAGATCAACATCACCGATACCTTCTACGTCTTTCGCTTTAGATTTGGTGTAAGCGATGGACGGACGCAGACCGAAATCGAACTGGTATTGCGCAACTAACAGAACGTCTTGCGTTTTGTTGGCGAAGCCGCTGGTGTTTGTAAATTTATTAGTGATCGGCGTAGCGTTACG > CP042583/848603‑849161 ||| aTCGGCCAGGCCCAGAATCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGCGGTTGGCTATTAGAACTGTGAAACTATACCCACAGCAACGGTGTAGTCTGAACCTACGc > 2:1695346/1‑288 (MQ=255) aTCGGCCAGGCCCAGAATCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGc > 1:1745338/1‑288 (MQ=255) cAGGCCCAGAATCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGttt < 2:1016377/289‑1 (MQ=255) cccAGAATCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGccc > 2:163604/1‑280 (MQ=255) cccAGAATCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTttg < 1:160962/286‑1 (MQ=255) aaTCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAg < 2:602282/288‑1 (MQ=255) ggTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGa > 1:1619006/1‑289 (MQ=255) 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cggTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGatgatg < 1:44354/288‑1 (MQ=255) aaTGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGt < 2:368373/288‑1 (MQ=255) aaTGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCAGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGt < 1:1223246/288‑1 (MQ=255) gTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAAc < 1:470478/289‑1 (MQ=255) ctcAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCg > 1:205229/1‑263 (MQ=255) ctcAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCGGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCTGAACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATa > 2:1765008/1‑289 (MQ=255) 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ATCGGCCAGGCCCAGAATCGGGTCGGCAGGAGCGGCGGTAATGTTCTCAAACATGACGAGGTTCCATTATGGTTACAGAAGGGAAGTCCGCTATCAGGGTAACGGGAGATTTACAAAATTCCAACTATTACTGATGAAAACGCAGGCTGTTTTTGCAAGACGTGAGATTGCTCTGGAAGGTATAAAAAAAACAGGACCAAAGTCCTGTTTTTTCGGCATTTAACAAAGAGGTGTGCTATTAGAACTGGTAAACGATACCCACAGCAACGGTGTCGTCACTACCTACGCCCAGTTTGTTGTCAGAATCGATCTGGTTGATGATGTAGTCAACATAGGTGGACATGTTTTTGTTGAAGTAGTAGGTTGCGCCCACTTCAAAGTAGTTCACCAGATCAACATCACCGATACCTTCTACGTCTTTCGCTTTAGATTTGGTGTAAGCGATGGACGGACGCAGACCGAAATCGAACTGGTATTGCGCAACTAACAGAACGTCTTGCGTTTTGTTGGCGAAGCCGCTGGTGTTTGTAAATTTATTAGTGATCGGCGTAGCGTTACG > CP042583/848603‑849161 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |