| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 860,905 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 860,905 | 0 | A | T | 100.0% | 365.0 / NA | 153 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 860,906 | 0 | G | C | 99.4% | 361.1 / NA | 153 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (91/61); minor base A (0/1); total (91/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 860,907 | 0 | T | A | 100.0% | 361.6 / NA | 153 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (91/62); total (91/62) | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
TTGAATCAATGAATTACTCGTTCAGTTAATATTTAAATATTCATGAAATCTATAAATTAAAGATTTGTCACTTATTGGATTTAGTATGCTTGATTTAAATGGCGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCAGTGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTACCGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCAGTTCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAA > CP042583/860635‑861183 ||| ttGAATCAATGAATTACTCGTTCAGTTAATATTTAAATATTCATGAAATCTATAAATTAAAGATTTGTCACTTATTGGATTTAGTATGCTTGATTTAAATGGCGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTa > 2:526715/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |