| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 863,495 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 863,495 | 0 | A | T | 99.6% | 563.3 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (131/105); total (134/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 863,496 | 0 | G | C | 100.0% | 562.2 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (134/105); total (134/105) | |||||||||||
| * | CP042583 | 863,497 | 0 | T | A | 100.0% | 573.1 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (134/105); total (134/105) | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TGCCATTACTCCAGCGTCAGGGGCGAATCAAATACGCGGTGACACTGGCGAAATACAGAACCAATAGTAATGAACAGCAGGAGAGCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTAGCTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGAGTTATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATAGCACGAGCGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGAGCCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTAGCTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTAC > CP042583/863217‑863773 ||| ccATTACTCCAGCGTCAGGGGCGAATCAAATACGCGGTGACACTGGCGAAATACAGAACCAATAGTAATGAACAGCAGGAGAGCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGttt > 1:575016/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |