Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 863,573 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 863,573 | 0 | A | T | 100.0% | 571.8 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 863,574 | 0 | G | C | 99.6% | 572.1 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/117); minor base T (1/0); total (124/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 863,575 | 0 | C | G | 99.6% | 570.3 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (124/116); minor base T (0/1); total (124/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
AGAGCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTAGCTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGAGTTATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATAGCACGAGCGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGAGCCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTAGCTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTT > CP042583/863298‑863836 ||| gagCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTacac > 1:1062063/1‑288 (MQ=255) gagCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTacac > 1:904543/1‑288 (MQ=255) gagCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTacac > 2:177658/1‑288 (MQ=255) gagCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGACTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTacac > 1:405346/1‑288 (MQ=255) 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ggCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGTACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTTATGGGCTATCGCTATTCTACGTCGGGTTTCTCCACCCTTTcccaac > 2:147026/1‑280 (MQ=255) aCGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGtata < 1:122921/289‑1 (MQ=255) gggCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACAcc < 2:1669542/259‑1 (MQ=255) 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tatGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGa > 2:1722477/1‑289 (MQ=255) tatGCTGAATATTACCGTGCCCCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGa < 1:556503/227‑1 (MQ=255) tGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGaca > 1:1240837/1‑224 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |