| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 864,784 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 864,784 | 0 | A | T | 99.6% | 558.3 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (118/116); minor base G (1/0); total (119/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 864,785 | 0 | G | C | 99.6% | 547.3 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (119/115); minor base A (0/1); total (119/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 864,786 | 0 | T | A | 99.6% | 559.5 / ‑4.8 | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (119/115); minor base G (0/1); total (119/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
GGTGCAAGGGTATTAATGAAAACAAGTAAGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCAGCCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGAGTTTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAAAGCAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATAGTCCGTTAGTCTATTTAG > CP042583/864506‑865063 ||| ttAATGAAAACATCAAAGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTg > 2:1883952/1‑288 (MQ=255) aatgaaaaactcaaaGCATGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGGGGTAGCGACGCTGGACGGCCTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTAACGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTgccg < 2:1863122/276‑1 (MQ=255) aaggAAAACATCAAAGCAGGGTATACCCATGGGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTgccg < 2:1377576/286‑1 (MQ=255) aaTGAAAACATCAAAGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTgccg < 1:1883952/289‑1 (MQ=255) aaTGAAAACATCAAAGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTgccg < 2:1427918/289‑1 (MQ=255) gAAAACATCAAAGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGccgccg < 1:1876182/289‑1 (MQ=255) aaaacatcaaaGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGccgccg > 1:1523540/10‑288 (MQ=255) aacatcaaaGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCt > 1:517964/8‑289 (MQ=255) aaaatcaaaGGAGGGTATACCGGTGCGTTTTTGCGCGCTGGGGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGAGGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCt < 2:164479/282‑1 (MQ=255) catcaaaGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTa < 1:125059/284‑1 (MQ=255) catcaaaGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTa < 2:910377/284‑1 (MQ=255) catcaaaGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTa < 2:977606/284‑1 (MQ=255) catcaaaGCAGGGTATACCGCTGCGTTTTGGCGCGATAGCGACGCTGGACGGCGTACAGGCTAATAGCGGCATAATTGATGATGATGGCTCGCTCTATATGGCGGGTTTACCGGCGAAGGGAACAATAAGCGTGCGCTGGGGCGAAGCTCCCGATCAAATTTGTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTACGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTa > 1:1804747/6‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |