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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 866,856 | 0 | C | G | 99.5% | 485.5 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (101/107); total (101/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTAGTGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGAGCGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTAAGCCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAAAGCATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGAGCACAGTGCCAGCACCATTA > CP042583/866582‑867133 ||| cGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATg > 2:297088/1‑288 (MQ=255) gagaAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTTCCATTAACTTTTTAAGCGCAATTGCAACCTGTCAATAACGATGTGCAGTCGGGTCAAGTGAATGCCa > 2:594419/1‑289 (MQ=255) aaTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGGGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAgcgc < 1:125251/289‑1 (MQ=255) aaTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAgcgc < 2:1279950/289‑1 (MQ=255) aaTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAgcgc < 1:1132796/289‑1 (MQ=255) aaTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAgcgc < 1:1334269/289‑1 (MQ=255) ttCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATATCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACAt < 1:1641636/289‑1 (MQ=255) ttCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACAt < 2:917345/289‑1 (MQ=255) ttCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACAt < 1:237128/289‑1 (MQ=255) tcatTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGCCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCCCGACATTTGt > 1:1181300/1‑289 (MQ=255) atTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTAc < 1:1188451/289‑1 (MQ=255) atTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTAc < 2:1224601/289‑1 (MQ=255) ttGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCAtt < 1:1415005/289‑1 (MQ=255) 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tCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGTCGACAGTGCCa > 1:464227/1‑288 (MQ=255) tgtgCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGGAGCGTCGCCAGTGCCAGCACCAtt > 1:1301922/1‑286 (MQ=255) tgtgCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGTCGACAGTGCCAGCACCAtt > 1:370833/1‑286 (MQ=255) ||| CGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTAGTGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGAGCGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTAAGCCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAAAGCATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGAGCACAGTGCCAGCACCATTA > CP042583/866582‑867133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |