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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 867,022 | 0 | C | G | 99.1% | 521.2 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (115/106); total (117/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGAGCGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTAAGCCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAAAGCATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGAGCACAGTGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGC > CP042583/866742‑867304 ||| tgCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGTCGGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTATCGCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTa < 2:1096184/288‑1 (MQ=255) 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ggcggAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGTCGACAGTGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTCGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGAACGCGAAACGGCATTTGAGTTAAGCATTGCCATCGtttcagcccgtcaag > 2:1741278/1‑275 (MQ=255) cggAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGTCGACAGTGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGtt > 1:651769/1‑289 (MQ=255) cggAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAATCGATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTCGGGCCGGGGGGGAAGCGTCGACAGTGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGtt > 1:1095739/1‑289 (MQ=255) ||| TGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGAGCGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGCTCTTGATTTTCGCCGTTTTAAGCCTGCTGGTGGCGGGTGAATTGCAGGCAGGAGTGGTGGTCGGCGGAACGCGATTTATCTTTCCGGCAGACAGAGAAAGCATATCTATTTTACTGACTAATACCAGTCAGGAATCCTGGCTTATTAACAGTAAAATCAACCGCCCAACGCGTTGGGCCGGGGGGGAAGCGAGCACAGTGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGC > CP042583/866742‑867304 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |