| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 868,992 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 868,992 | 0 | A | T | 99.5% | 510.9 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (136/79); minor base C (1/0); total (137/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 868,993 | 0 | G | C | 99.5% | 500.8 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/78); minor base T (0/1); total (137/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 868,994 | 0 | T | A | 100.0% | 514.0 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (137/79); total (137/79) | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
ACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCAGTCGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTG‑CTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGGTC > CP042583/868714‑869270 ||| ccATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCTCACGTTTTgcgc < 1:1470022/289‑1 (MQ=255) 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ggTATGCTATTTCGCTCACGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTG‑CTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGc > 2:928833/1‑289 (MQ=255) tATGCTATTTCGCTCACGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTG‑CTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAg > 2:1284319/1‑289 (MQ=255) gCTATTTCGCTCACGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTG‑CTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGGTc > 1:1759369/1‑289 (MQ=255) ||| ACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCAGTCGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTG‑CTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGGTC > CP042583/868714‑869270 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |