Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 870,953 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 870,953 | 0 | A | T | 99.5% | 504.4 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (128/85); minor base G (0/1); total (128/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 870,954 | 0 | G | C | 99.1% | 497.1 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (128/83); total (128/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 870,955 | 0 | C | G | 99.5% | 499.3 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (127/86); minor base T (1/0); total (128/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TGCTCGAAATCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCAGCCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACAGAGATGTTTAATCCTGGCGCGACCTTCGCTGTCCACTTCAGTGGTTTGAATGACACCATCCGCAACAGTCAGTACGGCGCGATGAAAGTGAAAGACGCGATCGTCGATGCTTTCACGCGGAAAAATCTGCCGCGTCCAAATGTTGATCGCGATGCGCCGGATATCCGCGTTAACGTCTGGCTGCATAAAGAAACCGCC > CP042583/870677‑871234 ||| cctcccgtcgtggggtACGTCCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCAGGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTggg < 2:1781501/275‑1 (MQ=255) ccTCCCGTCTTTGTGTACGCGCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGCCTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTggg < 2:1178439/289‑1 (MQ=255) ccTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTggg < 1:79531/289‑1 (MQ=255) tgtACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGtt > 1:703163/1‑289 (MQ=255) 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ggTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGAtt > 1:1428441/1‑289 (MQ=255) ttCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGAAACAAGTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGGGACGATATGAATTCTCTGTTGGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTa < 2:1641356/288‑1 (MQ=255) ccatgtccaGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCg < 1:263641/288‑1 (MQ=255) tccaGACTGACGGAAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTTTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTc < 2:430033/289‑1 (MQ=255) gactgactGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGCGCTGCTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGCGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGc > 1:617642/1‑289 (MQ=255) gactgactGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGCCAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGc > 1:1145007/1‑289 (MQ=255) gactgactGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTAtct > 1:576505/1‑277 (MQ=255) gactgactGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTAtct < 2:576505/277‑1 (MQ=255) gactgactGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGc > 1:493614/1‑289 (MQ=255) gactgactGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGc > 1:786670/1‑289 (MQ=255) gactgactGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGGAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTACTCCGGTGTTCAGGc > 2:371481/1‑289 (MQ=255) actgCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCCGGGTGGGGTCCATTTCACGGGCGACAC‑ACGGCCTGTTTACCCGAGCCTGCTGTGCAGCCGCCTGGCCTCGCGTCTTATCGTCCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTGTACACCGGTTTGTGCCCATATCCCGGTGTTCCGGCTATcc > 2:1187747/1‑288 (MQ=255) 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ctgCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGGAAGGGTTACAGCGATTTAGACCTCTATCGCGGTTGTCAGGCGATCa > 2:1295868/1‑288 (MQ=255) ctgCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGAAAC‑ACGGCTTGTTTAGCAGAGCCTGATGTGGAGACGCATGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGAGATGTAGGCCTCTATTTCGGTGTTCAGGGGATCa > 2:1759775/1‑288 (MQ=255) ctccaacaaTTGCGCCTGCTGCGGTAGGCTGTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCaa < 1:1358881/286‑1 (MQ=255) aTTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACag < 2:622551/289‑1 (MQ=255) ttACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGGTCCGGCGATCAACTGGAcgaa > 2:774730/1‑286 (MQ=255) taccctgaCTGGGGTAGGTTCTTGGAGTAAAAGTGCCGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAGCTGAACTGTAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGGGTTCAGGCGATCAACTGGACagag < 2:824871/282‑1 (MQ=255) tACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACagag < 1:450850/289‑1 (MQ=255) tACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACagag < 2:676649/289‑1 (MQ=255) aCGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTGTGTTTCCGCTGGGCGGGTGGGAGGTTTACAGCGATATAGACCTCTATCTCGGTGATCAGTGGATCAACAGGTCAtaga > 2:1604565/1‑289 (MQ=255) 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TGCTCGAAATCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGTGGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACAC‑ACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCAGCCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACAGAGATGTTTAATCCTGGCGCGACCTTCGCTGTCCACTTCAGTGGTTTGAATGACACCATCCGCAACAGTCAGTACGGCGCGATGAAAGTGAAAGACGCGATCGTCGATGCTTTCACGCGGAAAAATCTGCCGCGTCCAAATGTTGATCGCGATGCGCCGGATATCCGCGTTAACGTCTGGCTGCATAAAGAAACCGCC > CP042583/870677‑871234 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |