Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 874,987 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 874,987 | 0 | A | T | 99.4% | 377.3 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 874,988 | 0 | G | C | 100.0% | 378.8 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (77/85); total (77/85) | |||||||||||
* | CP042583 | 874,989 | 0 | C | G | 100.0% | 379.5 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (77/85); total (77/85) |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CCGCATGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCAGCCAGTGTGACATGCTGGTGGCGTTACCGCGCCTTGAGCATGGTCAGAAAGCGGCATGTCCCCGGTGTGGCACAACGTTAACCGTGGCGTGGGATGCCCCTCGGCAGCGTCCCACCGCCTATGCGTTGGCTGCACTGTTCATGCTGTTGCTGTCCAACTTGTTTCCTTTTGTGAATATGAACGTTGCAGGAGTTACCAGTGAAATTACATTACTGGAAATTCCCGGCGTGCTTTTTTCTGAGGACTACGCCAGCCTCGGCACCTTTTTCCTGTTGTT > CP042583/874708‑875264 ||| aTGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAGTGTGACa < 2:1059713/288‑1 (MQ=255) 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CCGCATGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCAGCCAGTGTGACATGCTGGTGGCGTTACCGCGCCTTGAGCATGGTCAGAAAGCGGCATGTCCCCGGTGTGGCACAACGTTAACCGTGGCGTGGGATGCCCCTCGGCAGCGTCCCACCGCCTATGCGTTGGCTGCACTGTTCATGCTGTTGCTGTCCAACTTGTTTCCTTTTGTGAATATGAACGTTGCAGGAGTTACCAGTGAAATTACATTACTGGAAATTCCCGGCGTGCTTTTTTCTGAGGACTACGCCAGCCTCGGCACCTTTTTCCTGTTGTT > CP042583/874708‑875264 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |