| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 877,316 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 877,316 | 0 | A | T | 99.4% | 746.5 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 877,317 | 0 | G | C | 99.7% | 742.2 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (152/162); total (154/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 877,318 | 0 | C | G | 99.7% | 748.6 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (154/161); total (154/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
ATAGCTTGTACACCGATCACATTGATTATCTGATGTTCTTTAAAGATAGCGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGAGTTCCGGGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGAAGCCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAACGACGCTGGATAGCATGAACAAGAT > CP042583/877041‑877596 ||| attcgttGTACACCGATCACATTGATTATCTGATGTTCTTTAAAGATTCGGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGAGTTCCGGGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGATCGCTGAAAACCg < 1:1537137/283‑1 (MQ=255) 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cTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGca < 1:1127841/271‑1 (MQ=255) cTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCaaa < 1:528032/289‑1 (MQ=255) tGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAact > 2:589104/1‑288 (MQ=255) gAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAacgacg < 1:1086625/288‑1 (MQ=255) gTTTACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAACGACGCTGGATAGCATGAACaa > 2:74929/1‑289 (MQ=255) tACGCGGATCGCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAACGACGCTGGATAGCATGAACAAGAt < 1:1860811/289‑1 (MQ=255) ||| ATAGCTTGTACACCGATCACATTGATTATCTGATGTTCTTTAAAGATAGCGTACGCGGTCTGCAACCGGGAGCTCCGGTAGAGTTCCGGGGTATTCGCCTGGGTACCGTAAGCAAAGTGCCATTCTTTGCGCCGAATATGCGTCAGACATTTAACGATGATTACCGTATTCCGGTACTGATTCGTATCGAGCCAGAGCGGCTGAAAATGCAGCTTGGCGAAAATGCGGATGTTGTTGAGCACCTTGGCGAATTGTTGAAACGTGGTTTACGCGGAAGCCTGAAAACCGGAAACCTGGTCACTGGTGCACTGTATGTTGATCTCGATTTCTATCCAAATACGCCTGCAATAACCGGTATTCGTGAATTTAATGGTTATCAGATTATCCCGACCGTTAGCGGCGGCCTGGCGCAAATCCAGCAACGACTGATGGAAGCGTTGGATAAGATCAACAAACTGCCATTGAATCCGATGATTGAACAGGCAACCAGTACGCTTTCTGAAAGTCAGCGCACAATGAAAAACCTGCAAACGACGCTGGATAGCATGAACAAGAT > CP042583/877041‑877596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |