Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 884,118 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 884,118 | 0 | A | T | 100.0% | 507.4 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 884,119 | 0 | G | C | 99.5% | 504.5 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (103/109); minor base A (0/1); total (103/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 884,120 | 0 | T | A | 100.0% | 510.4 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (103/110); total (103/110) |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TGTGCATAGCCACTAGTGTACATAATCAATCCAGCCCCTGTGAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAAAGTCAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAAGTTTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGAGCAAATATTCTCTCGATGC > CP042583/883844‑884398 ||| tgtgCATAGCCTGAAGTGTACATAATCAATCCAGCCCCTGTGAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTg > 1:1685121/1‑289 (MQ=255) 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TGTGCATAGCCACTAGTGTACATAATCAATCCAGCCCCTGTGAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAAAGTCAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAAGTTTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGAGCAAATATTCTCTCGATGC > CP042583/883844‑884398 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |