| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 896,042 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 896,042 | 0 | A | T | 99.3% | 325.4 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (82/57); minor base C (0/1); total (82/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 896,043 | 0 | G | C | 99.3% | 325.1 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (81/58); total (82/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 896,044 | 0 | C | G | 100.0% | 328.4 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (82/59); total (82/59) | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTAGCTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAC‑GCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCG‑AACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCGACCCGATTAC > CP042583/895764‑896312 ||| tGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCATCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGTGCTGTGCGGAACATGGTTTCGGGGATCCCGGTTGGTTCtccgc > 2:235774/1‑285 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tCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGc < 1:234397/289‑1 (MQ=255) ttCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACCAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCAGGGCGGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGCTCTACAGCCGCGTGTTCGACATTCCGCACATGGGTACCAATTCCACCGCGTATACCGGC‑GGGTTAACCGCCCTGTGCGTGGTGGCAGCGGCTGGCGGTgcgc > 2:1675704/1‑289 (MQ=255) tCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGc < 1:643618/288‑1 (MQ=255) 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tACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAC‑GCAGTCGCCCGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATa > 2:1758261/1‑289 (MQ=255) gTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAC‑GCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGCCGTCATAACCAGCa > 2:1124885/1‑288 (MQ=255) gTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGGGGTTGCAGCGGCTGTTGGTGTGACC‑GCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCTGCGACGTCATAACCAGCaa > 2:16920/1‑289 (MQ=255) 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tgCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAC‑GCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCG‑AACATCAGCCAGGCAATGAGGAGAAACAGGCATTAGCACCCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAACAATGCCGGACgccgccgcgtcgtcc > 2:1896883/1‑280 (MQ=255) gCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAC‑GCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCG‑AACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCg > 1:1229190/1‑288 (MQ=255) gCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAC‑GCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCG‑AACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCg > 2:966431/1‑288 (MQ=255) 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aTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAC‑GCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCG‑AACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATac < 2:1487426/235‑1 (MQ=255) ||| TGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTAGCTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTC‑GGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAC‑GCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCG‑AACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCGACCCGATTAC > CP042583/895764‑896312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |