Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 898,468 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 898,468 | 0 | A | T | 98.9% | 666.2 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/144); minor base G (0/3); total (137/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 898,469 | 0 | G | C | 99.3% | 660.4 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (136/146); minor base T (1/1); total (137/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 898,470 | 0 | C | G | 99.3% | 666.2 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (135/146); total (137/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑AGCGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACAGTATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGTCATGTCTACATGGCGCTGCGTGAAGACATCATGTCCGACGACAC‑GGTGATCTCCACCATGGTCAACGGCTACCGTAGCCACAAATTTGGCAAAATAAGTAACAAGGA > CP042583/898192‑898748 ||| ggcgaggcgaCGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATg < 2:1686289/288‑1 (MQ=255) cgaCGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGattatc > 1:30773/1‑287 (MQ=255) gaCGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCAc < 1:685085/288‑1 (MQ=255) aTCTGTTCTATATGGGGTAAATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGTTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCACTGGtt < 1:1729654/288‑1 (MQ=255) tCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCttt > 2:632730/1‑271 (MQ=255) ccggtttaatctGGGCTACATCAGGTTAATTCCCTTCGGCGCCGGGATTGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCACTGGtttt < 2:1459363/278‑1 (MQ=255) gTTCTCTTTGGGTTACGTCAGGTTAGTTCACTTAAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGGGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTgcg < 2:10448/289‑1 (MQ=255) 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tCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTAtttt > 1:426193/1‑289 (MQ=255) gcCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTgcg < 1:510814/288‑1 (MQ=255) gcCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTgcg < 1:1035055/288‑1 (MQ=255) 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tACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTAtgtg > 2:506035/1‑289 (MQ=255) aCCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCCGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTTAgtgg > 2:806070/1‑289 (MQ=255) gTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑TCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGtggtgg < 1:1794860/289‑1 (MQ=255) 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GGCGAGGCGACGTATCTGTTCTATATGGGCTACATCAGGTTAATTCACTTCAGCGCCGGGATGGTTTTTACCGTGGTTTTGCTGATGCGGATCTACTGGGCTTTTGTTGGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCT‑GGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATG‑AGCGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACAGTATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGTCATGTCTACATGGCGCTGCGTGAAGACATCATGTCCGACGACAC‑GGTGATCTCCACCATGGTCAACGGCTACCGTAGCCACAAATTTGGCAAAATAAGTAACAAGGA > CP042583/898192‑898748 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |