| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 478,637 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 478,637 | 0 | A | T | 99.5% | 480.4 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (116/90); total (118/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 478,638 | 0 | G | C | 99.5% | 490.2 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (118/89); minor base T (0/1); total (118/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 478,639 | 0 | T | A | 99.5% | 489.8 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (117/90); minor base C (1/0); total (118/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
TATCCGCTAACCACCACCATGTTGAGCGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCAGTCAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTAGCCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCAGTTTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGAGCGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTAGTAACCAGGAAGCGGGCGGTAGCAGCATCGAACTGGCGGAAGCGGAATATATGGTGCGCGCCAGCGGCTATCTGCAAACGCTCGACGACTTTAATCACATCGTTTTAAAAGCC > CP042583/478364‑478915 ||| gaTCCGGTAAGCACGACCATGTTTGCAGTGCCTGGCGCGGAGAATGTGCGCGGTGTCCCACAGTGTGGCGGCTGTTGGGTGTATGTCATGTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGGGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGt < 2:326724/288‑1 (MQ=255) accaccaccATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGAGCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCCAAAat > 2:937129/1‑289 (MQ=255) caccaccaTGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAatat < 1:1207664/289‑1 (MQ=255) caccaccaGGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAatat < 1:666675/289‑1 (MQ=255) cgccatgtgtccggTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTGCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAg < 2:95144/276‑1 (MQ=255) ccaTGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCGCGATCTGGCCGATTTACGCTCCTTACAGGACTGGTTTCCCAAatatta > 2:1478936/1‑284 (MQ=255) tgttgtcggTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGaa > 1:1122976/9‑289 (MQ=255) gtcggTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAAcc < 1:268655/285‑1 (MQ=255) gTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGACCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATc > 1:1165817/1‑288 (MQ=255) gtagcgcGAAGAGTGTGCGCGGTTGCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGa < 2:1862265/286‑1 (MQ=255) gtgCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGCTTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCCCAAATATGAGCTGAAAAACATCCCCAGCGTTGCGGaatggg > 2:1174214/1‑285 (MQ=255) gtgCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTgg < 1:1650828/289‑1 (MQ=255) tgCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGc > 1:1054123/1‑289 (MQ=255) 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tttGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTgtgg > 1:587084/1‑289 (MQ=255) ttGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGgtg < 1:1560292/285‑1 (MQ=255) tGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAAc < 1:523446/246‑1 (MQ=255) tGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAAc > 2:523446/1‑246 (MQ=255) ggCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGGGTGGTGa > 1:1154039/1‑289 (MQ=255) ctctTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAaga < 1:937129/288‑1 (MQ=255) ctTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGGGGAagagga > 1:1306780/1‑287 (MQ=255) ttctgtgTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTACCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTAt < 2:1362194/286‑1 (MQ=255) ttATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTAt < 2:178046/289‑1 (MQ=255) tgggtATGTCGTTTGCGAGGATGGCACGGATCCGTGTTGGTCTAGTTCGCGGGTGGTGGAGTACCTCAACCCGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGGGCGGGGGCCAGATGCCGCGGGTGTTGGCTGTATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGGGGTAAGCACGATCTGGCCTATTTACTTTCATTACAGGACGTGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAATCATCCCTGACGTTGCGGAAGTTGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAg < 2:838047/286‑1 (MQ=255) gtATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAggt < 1:1838802/288‑1 (MQ=255) tATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAATTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAACGAGTATCAggtgt > 2:312634/1‑288 (MQ=255) tATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAggtgg > 2:120117/1‑289 (MQ=255) aTGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTTCGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAggtggt > 1:452433/1‑289 (MQ=255) aTGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAatat < 2:1427192/218‑1 (MQ=255) aTGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTAACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAGAGAGTAGTAggtggg > 2:193892/1‑288 (MQ=255) gTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTa > 2:1144987/1‑289 (MQ=255) gTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGGATCAGGTGGTTa > 2:774615/1‑289 (MQ=255) 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cGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGgcg < 1:1410058/289‑1 (MQ=255) gATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGgcgc < 1:193892/289‑1 (MQ=255) gATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGgcgc < 1:770982/289‑1 (MQ=255) 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cAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTTCAAACCAGGAAGCGGGCGGTTCGTCGATCGAACTGGCGGAAGCGGAATATATGGTGCGCGCCAGCGGCTATCTGCAAACGCTCGACGACttt > 1:401482/1‑289 (MQ=255) cGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTTCAAACCAGGAAGCGGGCGGTTCGTCGATCGAACTGgcggaagc > 2:1644554/1‑237 (MQ=255) aaGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTTCAAACCAGGAAGCGGGCGGTTCGTCGATCGAACTGGCGGAAGCGGAATATATGGTGCGCGCCAGCGGCTATCTGCAAACGCTCGACGACTTTAATcaca < 2:1494403/289‑1 (MQ=255) aGCACGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTTCAAACCAGGAAGCGGGCGGTTCGTCGATCGAACTGGCGGAAGCGGAATATATGGTGCGCGCCa < 1:1642965/252‑1 (MQ=255) aCGATCTGGCCGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTTCAAACCAGGAAGCGGGCGGTTCGTCGATCGAACTGGCGGAAGCGGAATATATGGTGCGCGCCAGCGGCTATCTGCAAACGCTCGACGACTTTAATCACATCg < 1:702748/288‑1 (MQ=255) cGATTTACGCTCATTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGTCGGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTTCAAACCAGGAAGCGGGCGGTTCGTCGATCGAACTGGCGGAAGCGGAATATATGGTGCGCGCCAGCGGCTATCTGCAAACGCTCGACGACTTTAATCACATCGTTTTAAAAGcc < 1:673417/289‑1 (MQ=255) ||| TATCCGCTAACCACCACCATGTTGAGCGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCAGTCAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTAGCCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCAGTTTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGAGCGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATCAGTCTCGCCGAAGTAAAAAGCGCGCTGGATGCTAGTAACCAGGAAGCGGGCGGTAGCAGCATCGAACTGGCGGAAGCGGAATATATGGTGCGCGCCAGCGGCTATCTGCAAACGCTCGACGACTTTAATCACATCGTTTTAAAAGCC > CP042583/478364‑478915 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |