Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 901,776 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 901,776 | 0 | A | T | 99.2% | 576.9 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (122/123); total (124/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 901,777 | 0 | G | C | 99.6% | 581.3 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (123/125); total (124/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 901,778 | 0 | C | G | 99.2% | 573.5 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (122/126); total (124/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACAGTTTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCAC‑GCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATAAGCCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTGAAAATG > CP042583/901504‑902057 ||| cTGCGTATGAAGTCGCACAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCCGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCAC‑GCTTGCAACGCGGACGTATGGCCCGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAAGCAAACGttg > 2:608947/1‑287 (MQ=255) tGAAGGCGAGCACGTACAACCGGTAAAACTGGCGGAGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGGACCTGGACCTGCACCGTCCCCTGGGGTGGCCTGGCCAGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCGTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGATAGGGATCCTCGCCGCTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCAC‑GCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCAt < 2:389128/289‑1 (MQ=255) gAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCAC‑GCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCAtg > 1:236314/1‑289 (MQ=255) aGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCAC‑GCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCAtgtg > 1:1581781/1‑289 (MQ=255) 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ccATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCAC‑GCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAAt < 1:586861/289‑1 (MQ=255) ccATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCAC‑GCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAAt < 1:1891299/289‑1 (MQ=255) ggTTGACTGTCCCGAACAGGATCCACAGCGTAACCCCTTTACCCGAAAAATTCCGCGGCTGCTAGGGATCTTCGCCACTACCACATTAGCTTAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCCGCAACCTACCCGC‑GCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGCTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATGGTGAGCGGCGTATGTAGCAGGCATTCCGCGGACGGGAAGGTGACCTAGCCTACGGCACGTGGCACTCCCGCTATGCGCCGGATATGAAACACGt < 2:701686/288‑1 (MQ=255) 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gCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTgg > 2:961620/1‑289 (MQ=255) gTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCCGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTg < 2:862132/289‑1 (MQ=255) tAATGCAGGAAATATCGCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGca < 1:606890/195‑1 (MQ=255) 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CTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGCACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACAGTTTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCAC‑GCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATAAGCCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCATTCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTGAAAATG > CP042583/901504‑902057 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |