| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 903,284 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 903,284 | 0 | A | T | 99.2% | 589.0 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (98/150); minor base G (0/2); total (99/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 903,285 | 0 | G | C | 99.6% | 590.4 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (98/151); minor base T (1/0); total (99/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 903,286 | 0 | T | A | 98.0% | 580.2 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (97/148); minor base C (1/4); total (99/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGAGCCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCAAGTTTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGAGTAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAACTCTCCGCCGTAACGAAAACGAGTTGTACTAAGGAGCAGAAACAATGTGGTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGA > CP042583/903005‑903561 ||| tgGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGa > 2:1730305/1‑289 (MQ=255) 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tttGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTg > 1:805003/1‑288 (MQ=255) tttGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTCAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGa < 2:1744338/289‑1 (MQ=255) tGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACg > 1:712843/1‑289 (MQ=255) aCTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTtg < 1:24842/289‑1 (MQ=255) cTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTTCCTGGATGAATACTTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGTCATCACGCTGTTCCCCTTTGCCATCTCGTCAAGCGGCAGTCCGACTTCCAGCCTGACGTTGTggc > 2:1129263/1‑288 (MQ=255) tCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGa < 1:272802/289‑1 (MQ=255) 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TGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGAGCCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGGCAAGTTTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGAGTAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCAGCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAACTCTCCGCCGTAACGAAAACGAGTTGTACTAAGGAGCAGAAACAATGTGGTATTTACTTTGGTTCGTCGGCATTTTGTTGATGTGTTCGCTCTCCACCCTTGTGTTGGTATGGCTGGA > CP042583/903005‑903561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |