Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 904,611 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 904,611 | 0 | A | T | 98.9% | 427.8 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 904,612 | 0 | G | C | 99.5% | 431.8 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (86/96); minor base A (0/1); total (86/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 904,613 | 0 | T | A | 99.5% | 429.1 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (86/95); minor base G (0/1); total (86/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TTTAACCGGTGCGGTAAGCCTCGCAAGTATGCTGACGGAGATATTTCTCCTGCAACAAGCACAGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATAGTCACCAGTGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTAGTGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCAACTGGACGCTTCCCGGTCAGCCGGATAACACGCCGCCAGGTGGTGAACTGGTGTTTGAACGCTGGCGTCGGCTAAGCGATAACAGCCAGTGGATTCAGGTTAGCCTGGTCTTCCAGACTTTACAGCAGATGCGTGATAAAACGCCGCTGAGTTTAAATACGCCGCCCGGAGAGGTGAAACTGACCCTGGCAGGATGTGAAGAGCGAAATGCGCAGG > CP042583/904343‑904890 ||| attAACCTGGGCGGTAAGCCTCGAATCAATGCTGACGGAGATATTTCTCCTGAAACAATCACCGGGAATGCCGGAGCCGGGGGTGGGAAGGATCAC‑CGATTCACACCAGTGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGa < 2:198528/288‑1 (MQ=255) attAACCGGTGCGGTAAGCCTCGCATCAATGCTGACGGAGATATTTCTCCTGCAACAAGCACAGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATTCACACCAGTGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGa < 1:19413/288‑1 (MQ=255) attAACCGGTGCGGTAAGCCTCGCATCAATGCTGACGGAGATATTTCTCCTGCAACAAGCACAGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATTCACACCAGTGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGa < 1:1754013/288‑1 (MQ=255) ggTGCGGTAAGCCTCGCATCAATGCTGACGGAGATATTTCTCCTGCAACAAGCACAGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATTCACACCAGTGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATa < 2:1872431/289‑1 (MQ=255) 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ttCTCCTGCAACAAGCACAGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATTCACACCAGTGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCa > 1:1072517/1‑288 (MQ=255) ccgCAACAAGCCCAGGGAAGGCCAGGACAGGGGTGGGAATGGATAACACGAT‑CACACCAGTGGAACACCTGTCTAAGTTTGCATAACGAGACATTTTACTTGCTACAAAGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGCTTGGATCAAGACAGCGAGGAAGTCCCACCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCAACTGGa < 2:818551/287‑1 (MQ=255) cTGCAACAAGCACAGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATTCACACCAGTGGAACACCTTGCTGAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCAACTGGa < 1:487190/289‑1 (MQ=255) cTGCAACAAGCACAGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATTCACACCAGTGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCAACTGGa < 2:1072517/289‑1 (MQ=255) aGCACAGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATTCACACCAGTGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCAACTGGACGCTTccc > 2:1516071/1‑289 (MQ=255) aGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATTCACACCAGCGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTTCAGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCAACTGGACGCTTCCCGGTCa > 2:750780/1‑289 (MQ=255) 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TTTAACCGGTGCGGTAAGCCTCGCAAGTATGCTGACGGAGATATTTCTCCTGCAACAAGCACAGGGAATGCCGGAGCCGGGGTGGGGAAGGATCAC‑CGATAGTCACCAGTGGAACACCTTGCTAAGTTTGCATAACGCGCAATTTTATTTGCTACAACGCACGCCAGAGGTTGCCCGCAGCCGCGCCACCCCGTTATTAGATTTGATCAAGACAGCGTTGACGCCCCATCCACCGCAAAAACAGGCGTATGGTGTGACATTACCCACTAGTGTGCTGTTTATCGCCGGACACGATACTAATCTGGCAAATCTCGGCGGCGCACTGGAGCTCAACTGGACGCTTCCCGGTCAGCCGGATAACACGCCGCCAGGTGGTGAACTGGTGTTTGAACGCTGGCGTCGGCTAAGCGATAACAGCCAGTGGATTCAGGTTAGCCTGGTCTTCCAGACTTTACAGCAGATGCGTGATAAAACGCCGCTGAGTTTAAATACGCCGCCCGGAGAGGTGAAACTGACCCTGGCAGGATGTGAAGAGCGAAATGCGCAGG > CP042583/904343‑904890 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |