| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 909,371 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 909,372 | 0 | C | G | 99.7% | 666.0 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (175/109); total (176/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 909,373 | 0 | T | A | 98.9% | 655.3 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (171/108); minor base C (3/0); total (176/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GACCTTTCACCCGTCCGCTCATTAATTGCAGGGTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACGCTAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAAGCTTTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCGCTTTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCGGCAAGTGGACGCGTGACACTGCGATA > CP042583/909091‑909649 ||| gggTACTTTCCAGCAGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTg > 1:1811461/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |