| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 910,839 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 910,839 | 0 | A | T | 100.0% | 717.3 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (144/155); total (144/155) | |||||||||||
| * | CP042583 | 910,840 | 0 | G | C | 99.7% | 710.3 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (143/155); minor base A (1/0); total (144/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 910,841 | 0 | C | G | 99.7% | 706.5 / ‑6.6 | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (144/154); minor base T (0/1); total (144/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
ATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTAGCGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATAGTTATTGGTTAAGCTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCT > CP042583/910560‑911110 ||| aTGGTAGGCATCAATGCCTGTGTGTTGTCTTTGTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATa < 2:1238484/289‑1 (MQ=255)aTGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATa < 1:1636690/289‑1 (MQ=255) ttAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGAt < 1:196288/284‑1 (MQ=255) aGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATaa > 1:1579222/1‑285 (MQ=255) 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tCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCt < 2:812745/289‑1 (MQ=255) tCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCt < 1:25052/289‑1 (MQ=255) ||| ATGGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTAGCGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATAGTTATTGGTTAAGCTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCT > CP042583/910560‑911110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |