Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 911,127 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 911,127 | 0 | A | T | 99.5% | 488.0 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 911,128 | 0 | G | C | 99.5% | 482.1 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (100/105); total (100/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 911,129 | 0 | T | A | 100.0% | 490.4 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (100/107); total (100/107) |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATAGTTATTGGTTAAGCTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCAGTTTTCCCGACCTGCAAAAGCAGGTAGCAAGTCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTT > CP042583/910853‑911399 ||| gcTGGCATGATGCGCGGCATTTAACGGTGGAAGCTTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGGGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCTCATTTCCCGACCTGCaaa < 2:1123004/288‑1 (MQ=255) cagcaTTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCATGAAAGATTCAGATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGCTTTAAAAGCGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACGCAGCAAGCACACACTCACCAGTGTAATCCGCGCTGCGCAGAGGCCATCTTGGTAGGTAGTAGCACGACATCAGTCCCCTACCTGCCACAGCAGGCAGCAAg > 2:1614606/1‑287 (MQ=255) cAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCTCATTTCCCGACCTGCAAAAGCAGGTAGCAAGTCTGCCGGTGATCGaa < 2:241177/288‑1 (MQ=255) cAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGTTATCGTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGTAGCACGACCTCATTTCCCGACCTGCAAAAGCAGGTAGCAAGTCTGCCGGTGATCGaa > 2:876269/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |