Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 914,294 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 914,294 | 0 | A | T | 99.6% | 588.8 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (116/135); total (117/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 914,295 | 0 | G | C | 99.6% | 589.3 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (117/134); total (117/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 914,296 | 0 | C | G | 99.6% | 596.2 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (116/135); total (117/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TGGTCGCTTTGTGGCGGCAAAACCGTTCGAACTGGATAAATATCCGAGCAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAAAGCACGGGGATGTTCCATAACGCTAGCGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTAGCATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTAAA > CP042583/914014‑914574 ||| tGGTCGCTTTGTGGCGGCAAAACCGTTCGAACTGGATAAATATCCGTCGAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACgggg < 1:580219/289‑1 (MQ=255) gggcGCTTTGTGGGGGCAAAACCGTTCGAACGTGATAAATATCCGTCGAAATTGAGTGCCGGATTGCCGGATAACGTACACACCGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGATGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGa < 2:768025/286‑1 (MQ=255) tCGCTTTGTGGCGGCAAAACCGTTCGAACTGGATAAATATCCGTCGAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATg > 1:1472489/1‑289 (MQ=255) cGCTTTGTGGCGGCAAAACCGTTCGAACTGAATAAATATCCGTCGAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATg < 1:1157216/288‑1 (MQ=255) ttGTGGCGGCAAAACCGTTCGAACTGGATAAATATCCGTCGAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCa > 1:1391704/1‑289 (MQ=255) gtgGCGGCAAAACCCGTCGAAATGGAGAAATATCCGTCGAAAATGGTTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATa < 2:1734171/289‑1 (MQ=255) cggcAAAACCGTTCGAACTGGATAAATATCCGTCGAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACg < 1:871913/288‑1 (MQ=255) 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tatccgtcgaaaaTGATGGGCGGATTGCCGGATCACGTACACACCGCGGCGCGTATTCGTTGTCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTg < 2:1373678/280‑1 (MQ=255) cgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCtt > 2:739807/6‑289 (MQ=255) cgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGACtt > 1:1164388/6‑289 (MQ=255) cgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCGGGCGCAAGCTATTGCCtt > 2:638167/6‑289 (MQ=255) cgtcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCCGGCGAAAGCTAGTGccgt > 2:336966/6‑287 (MQ=255) tcgaaaaTGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGc > 1:1002022/4‑289 (MQ=255) 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tGATTGCGGGGTTGCAGGAGCACGTACACACCGGGGCGCGTGTTCGTTATCCGATGGTACGCGGGGACTGGCTGCGTAGGCGCCATCTCGGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCGTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTaa < 2:576705/289‑1 (MQ=255) tGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTaa < 1:638425/289‑1 (MQ=255) tGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTaa < 1:739807/289‑1 (MQ=255) attgccggattgccggATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTGATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTaa < 1:970808/287‑1 (MQ=255) ttgccggatCAAGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTAGACTGGCTGCGTAAGCACCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTa < 1:1875543/289‑1 (MQ=255) gtacaccaacacAACGCGGGTCGGATTCATGATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGGAATGGCCATCACAGCGTCACGTACCATCGCGGGGATAACCGTTTGGTGGGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGc < 2:94432/280‑1 (MQ=255) 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aCCGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGTGTGTGCCCGGATCACGCAGGTTATGAATATTaa > 2:1743173/1‑287 (MQ=255) cGCCAGTGGTTGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGc < 2:304186/182‑1 (MQ=255) ttGGCAATCGACGGGGATGTTCCATAACGCTTCGGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTTCGATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTaaa < 1:610893/288‑1 (MQ=255) ||| TGGTCGCTTTGTGGCGGCAAAACCGTTCGAACTGGATAAATATCCGAGCAAAATGATTGCCGGATTGCCGGATCACGTACACAACGCGGCGCGTATTCGTTATCCGATGGTACGCGTGGACTGGCTGCGTAAGCGCCATCTCAGCGATACCTCCCAGCGCGGTGATAACCGTTTTGTGCGCGTGAGCTGGGATGAAGCCCTCGACATGTTCTATGAAGAACTGGAACGCGTGCAGAAAACTCACGGGCCGAGTGCCTTGCTGACCGCCAGTGGTTGGCAAAGCACGGGGATGTTCCATAACGCTAGCGGGATGCTGGCGAAAGCTATTGCCTTGCATGGTAATAGCGTTGGTACGGGCGGAGATTACTCTACCGGTGCTGCGCAGGTGATCCTGCCGCGCGTAGTCGGTAGCATGGAAGTGTATGAACAGCAAACCTCCTGGCCGCTGGTATTGCAGAACAGCAAAACCATTGTGCTGTGGGGCTCCGATTTGCTGAAAAACCAGCAAGCGAACTGGTGGTGCCCGGATCACGATGTTTATGAATATTACGCGCAGCTAAA > CP042583/914014‑914574 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |