| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 916,208 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 916,208 | 0 | A | T | 99.2% | 591.0 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (135/113); minor base G (0/2); total (136/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 916,209 | 0 | G | C | 99.6% | 581.7 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (136/114); total (136/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 916,210 | 0 | C | G | 98.8% | 577.3 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (133/115); total (136/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAAGCCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGAGCCAGGTGAAAAGTTGAATTAACCCGCGTCGCAGGTGAAATCATGACCACGCTGACAGCACAACAGATTGCCTGTGTTTACGCCTGGCTAGCGCAGTTGTTCTCCCGTGAGCTGGACGATGAACAACTGACGCAAATCGCCAGTG > CP042583/915935‑916485 ||| aCGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGa < 2:1768266/289‑1 (MQ=255) aCGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGa < 1:1170934/289‑1 (MQ=255) ggtgggTCGGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCACGTATTCATGCACCCGCCGGGTGCCAGCGCGGGGGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc < 2:831048/284‑1 (MQ=255) gCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc < 1:246874/289‑1 (MQ=255) ggcAGCAATAACAGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGGTTTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgc < 2:682650/287‑1 (MQ=255) tCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc < 1:462457/283‑1 (MQ=255) cAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgcg < 1:1891512/288‑1 (MQ=255) cAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTgcg < 1:1512065/288‑1 (MQ=255) acgaaaTAAACGGTAGCGGGTAAAGAGCGAGTATTCATTAACCCGCAGGGTGCCAGGGCGCGCAGTAGTCGTAACGGTGAGGTGGTACGCGTCTGTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTCTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTAACCATCGACATCGGTACAGCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTtcg < 1:1309718/284‑1 (MQ=255) tAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCtggt > 2:865209/1‑289 (MQ=255) ggTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGaaa > 1:1195340/1‑289 (MQ=255) ggTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGaaa > 2:1342149/1‑289 (MQ=255) ggTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGaaa > 1:86933/1‑289 (MQ=255) aaaGGGCCGGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGGGCGGTATTCGTAACGGTGATGTTGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTg < 2:1083188/289‑1 (MQ=255) aaaGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGAAAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGGGCGGACACCACCCAGGGGGACAtgg > 2:656583/1‑287 (MQ=255) agagCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGACGGGGCATGGTACGATCCAGATAACGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGCCATCGCTACATCGCACCGGGCGCAGGCCACCAGTGCCCACACTACGCGGGTGGaaacgtag > 2:908281/1‑284 (MQ=255) agagCCAGTATTCATTAACCCGCAGGAGGCCAGCGCGGGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTgag < 1:1814551/289‑1 (MQ=255) ccAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAg < 1:1342149/288‑1 (MQ=255) aGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTAc > 2:1090552/1‑289 (MQ=255) aGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTAc > 1:347658/1‑289 (MQ=255) tCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGGGGGAGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACgg < 2:408454/289‑1 (MQ=255) tCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACgg < 2:507023/289‑1 (MQ=255) cATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAACTTGAGAAGTAAAACGGa > 1:533160/1‑289 (MQ=255) aTTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc > 2:142878/1‑246 (MQ=255) aTTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGAcc < 1:142878/246‑1 (MQ=255) tgaaCCCGCAGGATGCCAGGGCGCGCGGGATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCCCGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAAc < 2:1859101/287‑1 (MQ=255) aaCCCGCAGGATGCCATGGGGGGCGGTTTTCGTAACGCTGGTGTGGTACTCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAg < 2:1159016/289‑1 (MQ=255) cccGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACATCGCAGCTGTCGCAGGCGACCAGGGCGCACACACCGCTGGCGGAAAGGGAGACGTCCAACGGAACAgcg > 2:1502420/1‑287 (MQ=255) 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cATCGGTACATCGCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGtcgcaggtgaaatcatgaccacgctgacagcacaacagattgcctgtgtttacgcctggctagcgcagttgttctcccgtgagctggacgatgaacaactgacgcaaatcgccagtgcgcagatggctgaatggttttcgttgctg < 1:1844128‑M1/288‑147 (MQ=255) ||| GAAACGCTGCGTCAGCAATATACGGTAGCGGGTAAAGAGCCAGTATTCATTAACCCGCAGGATGCCAGCGCGCGCGGTATTCGTAACGGTGATGTGGTACGCGTCTTTAACGCTCGCGGTCAGGTGTTGGCAGGGGCAGTGGTTTCTGACCGCTATGCACCCGGCGTGGCACGAATTCACGAAGGGGCATGGTACGATCCAGATAAAGGCGGCGAGCCTGGTGCGCTGTGCAAATACGGTAACCCCAACGTGTTGACCATCGACATCGGTACAAGCCAGCTGGCGCAGGCGACCAGTGCGCACACTACGCTGGTGGAAATTGAGAAGTACAACGGAACAGTGGAGCAGGTGACGGCGTTTAACGGCCCCGTGGAGATGGTGGCGCAGTGCGAATATGTTCCCGCGAGCCAGGTGAAAAGTTGAATTAACCCGCGTCGCAGGTGAAATCATGACCACGCTGACAGCACAACAGATTGCCTGTGTTTACGCCTGGCTAGCGCAGTTGTTCTCCCGTGAGCTGGACGATGAACAACTGACGCAAATCGCCAGTG > CP042583/915935‑916485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |