| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 919,610 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 919,610 | 0 | A | T | 100.0% | 469.6 / NA | 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 919,611 | 0 | G | C | 99.5% | 460.7 / NA | 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (86/110); minor base T (0/1); total (86/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 919,612 | 0 | C | G | 99.5% | 459.9 / ‑7.8 | 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (86/109); total (86/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |