Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 441,341 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 441,341 | 0 | A | T | 99.5% | 440.8 / ‑4.4 | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 441,342 | 0 | G | C | 99.5% | 437.2 / ‑4.5 | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (91/96); minor base . (0/1); total (91/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 441,343 | 0 | C | G | 98.4% | 436.2 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (90/95); minor base T (1/2); total (91/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTAAGTGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTA > CP042583/441063‑441619 ||| gtgtgtTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGac > 2:1259277/1‑289 (MQ=255) tttATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGa > 2:1128133/1‑289 (MQ=255) cAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGat < 1:787364/289‑1 (MQ=255) cAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTATCAGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGat > 2:289736/1‑289 (MQ=255) 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GTGTGTTTATGTTCAATTTTGCAGTCAGCCGCGAAAGCCTGTTAAGTGGATTTCAGTGGTTTTTCTTTATTTTTTGCAACACGGTTGTGGTTCCTCCTACGCTACTTTCTGCTTTTCAGTTGCCGCAAAGTAGCCTGCTTACGCTCACGCAATATGCTTTTCTTGCTACCGCACTGGCCTGCTTCGCTCAGGCGTTTTGCGGTCATCGTCGCGCTATTATGGAAGGGCCAGGTGGCCTGTGGTGGGGAACCATCCTTACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCAGCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTA > CP042583/441063‑441619 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |