| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 927,531 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 927,531 | 0 | G | C | 99.6% | 585.1 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 927,532 | 0 | C | G | 100.0% | 589.1 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (124/127); total (124/127) | |||||||||||
| * | CP042583 | 927,533 | 0 | T | A | 99.6% | 584.2 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (123/126); total (124/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CATCCCTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTACTGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCGCTCAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCGCTAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTACCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCAAT > CP042583/927253‑927809 ||| cTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAAtcgtcg < 2:935444/289‑1 (MQ=255) cTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAAtcgtcg > 2:563339/1‑289 (MQ=255) tGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCGGTCTGAAAATCGGCGa > 2:744316/1‑289 (MQ=255) tGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGa > 2:826667/1‑289 (MQ=255) gCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGACAATCGTCGaa > 1:1787804/1‑289 (MQ=255) cgcgCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTaa > 2:1671247/1‑289 (MQ=255) cGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCAGGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAGTGCGCTCTCCGTAGTGTTCGATTCCCGACAGCAAATCGCTGAAGGGTAACAGcca > 2:533667/1‑286 (MQ=255) 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caTGTTCGCAATGACCAGGCGGTTGGTTAAGACATCAAGCCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCATGGCGTGGCATAAGCGCTTTCCATATCCGCCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCAGGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGc < 2:614856/287‑1 (MQ=255) tGGCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGc < 1:475924/283‑1 (MQ=255) ggCAATGACCGGGCGAGTGGTTGAGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCCGACAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCtt < 1:1647766/271‑1 (MQ=255) 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gttCGATTCCCGACAGAAACTCGTCGAAGGTTACCAGCAGGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCCGAAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTGCCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCaa < 2:1499544/287‑1 (MQ=255) ttCGATTCCCGACAGAAAATCGTCAAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAGCATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCCGAAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTACCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCAAt < 1:1037404/288‑1 (MQ=255) ||| CATCCCTGCCGCTCGCGCTGCGGTCACGGCGGTTTGAATGTTGGCAATGACCGGGCGAGTGGTACTGACATCAAACCCGGCGAGATCTAAGTAGCCGCCTGGCGTGGCATAAGCGTTTTGCATATCCACCACGATCAGCGCACTTTGCTGCGGATCGAAGGTAATGGCTTCCGGTCGAGCGGTTAAGGTCGTCATCATGCCACCTCCTGAGTCAGCGCAGGTAGATGGGCGCGGCATTGCATCAGTGGTTGAATGCGCTCGCCGAAGGTTTCGATTCCGCTCAGAAAATCGTCGAAGGTTAACAGCACGCCTTCGGCACCAGGCACGCTTGCGACTTCATCTAACATGCGCGCGACACTGGCGTAAGAACCGACTAACGTCCCCATATTGATGTTTACCGCGCTAGTGGGATCGGCCATCTGACGAACGTTGGTGTCAGTACCGGAGCGGGTATCTTTCTGACTTTGTTCGGTTAGCCAGCTTAACGCCTCTTCATCCGCGCCCGCTTTGTAGTGTTCCCATTTGGCGCGAGCGGCATCGTCGGTTTCATCGGCAAT > CP042583/927253‑927809 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |