| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 935,143 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 935,143 | 0 | A | T | 99.3% | 311.0 / ‑5.1 | 135 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 935,144 | 0 | G | C | 99.3% | 309.8 / NA | 135 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (59/75); minor base T (0/1); total (59/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 935,145 | 0 | C | G | 99.3% | 313.1 / NA | 135 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (59/75); total (59/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ATTGCCGGGATTCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTG‑TACAAAGCGTTTCTGCGTAAAC‑ATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGT‑GATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAG‑TTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCG‑CACTATCATAGCGCTCCGCCGAGTCGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGT > CP042583/934864‑935417 ||| tGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTG‑TACAAAGCGTTTCTGCGTAAAC‑ATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGT‑GATGTgg > 1:1059305/1‑289 (MQ=255) 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aGTGGTGCTGTTCTCGGT‑GATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTCAG‑TTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACTCTTTTCCGAGCCCGATCCG‑CCCTATCATTCCTCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAACGGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGt > 2:1713834/1‑289 (MQ=255) ||| ATTGCCGGGATTCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTG‑TACAAAGCGTTTCTGCGTAAAC‑ATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGT‑GATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAG‑TTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCG‑CACTATCATAGCGCTCCGCCGAGTCGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGT > CP042583/934864‑935417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |