| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 935,155 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 935,155 | 0 | A | T | 100.0% | 328.6 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (67/74); total (67/74) | |||||||||||
| * | CP042583 | 935,156 | 0 | G | C | 99.3% | 319.4 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (67/73); minor base A (0/1); total (67/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 935,157 | 0 | T | A | 99.3% | 328.2 / NA | 141 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (65/74); total (67/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTG‑TACAAAGCGTTTCTGCGTAAAC‑ATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGT‑GATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAG‑TTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATAGCGCTC‑CGCCGAGTCGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGC > CP042583/934875‑935433 ||| tctgctgtcgtcAATTCTGGCGGCGGTAATGGCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTG‑TACAAAGCGTTTCTGCGTAAAC‑ATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGT‑GATGTGGTCACGCATg < 1:1764843/278‑1 (MQ=255) 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ggT‑GATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAG‑TTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTC‑CGCCGTCACGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGGTTTGTTTGGCTTcagc > 1:1760937/2‑289 (MQ=255) ||| TCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTG‑TACAAAGCGTTTCTGCGTAAAC‑ATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGT‑GATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAG‑TTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATAGCGCTC‑CGCCGAGTCGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGC > CP042583/934875‑935433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |