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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (103/78); minor base T (1/0); total (104/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 935,367 | 0 | C | G | 98.9% | 427.5 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (102/78); total (104/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
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cgtcagcggcgATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTC‑CGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTACTGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGACCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCGTCGGGGAACGCTTCAGCGACTTTCACGCCACCAACACCCGCGCTGTTATTATGTTCCGGGCAGAAAGt > 2:373481/6‑288 (MQ=255) tcagcggcgATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTC‑CGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGACCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCACCCCCCGAGCTGTTATTTAGTTCCGGGCAAAAGGTTAg > 2:1569016/4‑289 (MQ=255) tGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTC‑CGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCCCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGGCCCCCCCAACACCCGGGCGGTTATTAAGTTCCCGGCAAAAACGTAGATTTGATaa > 2:441182/1‑288 (MQ=255) cGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTC‑CGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGaaa < 1:154502/288‑1 (MQ=255) ggCCGATGCGCACTATCATTCGGCTC‑CGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTg < 1:516714/288‑1 (MQ=255) ||| AGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATAGCGCTC‑CGCCGAGTCGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCC > CP042583/935092‑935645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |