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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (106/82); minor base T (1/0); total (107/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 935,379 | 0 | T | A | 98.4% | 432.4 / NA | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/81); minor base C (3/0); total (107/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
GCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATAGCGCTCCGCCGAGTCGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTT > CP042583/935098‑935657 ||| gcgTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCTCGGTGATGTGGTCACGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGc > 1:1774297/1‑289 (MQ=255) 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cggcTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTg < 2:855604/212‑1 (MQ=255) cggcTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTg > 1:855604/3‑214 (MQ=255) cTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCgct < 1:1266875/208‑3 (MQ=255) cTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGttt > 1:493772/1‑289 (MQ=255) cTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGttt > 1:1535222/1‑289 (MQ=255) cTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATCTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTAGGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGttt > 1:355897/1‑289 (MQ=255) ||| GCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGGATGATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGAGTGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATAGCGCTCCGCCGAGTCGGTTGCAGGAA‑AGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCAGCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCCTCGCCATATAAATTGAATGGTGCAGGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGTCCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGCGATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTATGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTT > CP042583/935098‑935657 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |