| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 940,602 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 940,602 | 0 | A | T | 98.6% | 509.7 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (95/122); minor base G (0/3); total (95/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 940,603 | 0 | G | C | 97.8% | 517.1 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base C (98/127); total (100/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 940,604 | 0 | C | G | 98.7% | 530.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (99/127); minor base T (1/2); total (100/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
AATAGGGAAGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCG‑CAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTAGCGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGTTATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGC > CP042583/940325‑940883 ||| aGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCG‑CAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACTTTGCCAACGTa < 1:62517/288‑1 (MQ=255) aGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGAGCAGAATGTGACTGCCGCG‑CAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACTTTGCCAACGTa < 1:561180/288‑1 (MQ=255) tGGAAATTGCGCCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCGTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCG‑CAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAGATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCTGCACTTTGCCAACGTACg < 1:534146/287‑1 (MQ=255) aaaTTGCGCCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCG‑CAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGc < 1:1598728/288‑1 (MQ=255) aaTTGCGCCGTTCGCCTCTATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGGGGCGGAGAATGTGACTGCCGCG‑AAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCa < 1:645817/288‑1 (MQ=255) cgcCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCG‑CAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCt > 2:438804/1‑288 (MQ=255) ttCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCG‑CAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTTCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGtt > 1:1896910/1‑289 (MQ=255) 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cgtacgttCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGTTATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGc > 1:747928/1‑289 (MQ=255) cgtacgttCGGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGTTATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCCCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGATCCGCTTCGCGCGCCCTTCGGGCCACCCGCGCCTTGCGTTCACAGTCTGCCCAACTGGACGTCGCGCGGTGTCAGACACCGGGCGGGCCGTCTCGTACCCCCgtcgaggta > 2:25543/1‑281 (MQ=25) ||| AATAGGGAAGGTGGAAATTGCGCCGTTCGCCTATATGCGTGGACGTACCTTTGAAAATGCAGTCGTCATTCTTGACGAGGCGCAGAATGTGACTGCCGCG‑CAAATGAAAATGTTTTTAACCCGCCTCGGGGAGAACGTGACGGTTATCGTCAACGGTGATATCACGCAATGCGATTTGCCTCGCGGCGTGTGCTCCGGATTAAGTGACGCGCTGGAACGTTTCGAAGAAGATGAAATGGTTGGGATCGTCCGGTTCGGTAAAGAGGACTGCGTACGTAGCGCACTTTGCCAACGTACGCTGCATGCCTACAGTTAAGTGTGTTATCGGTGCAGAGCCCGGGCGAACCGGGCTTTGTTTTGGGTGTTCCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAACCCCGGTCGGGGCTTCTCATCCCCCCGGTGTGTGC > CP042583/940325‑940883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |