Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 945,241 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 945,241 | 0 | G | C | 99.6% | 558.6 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 945,242 | 0 | C | G | 99.6% | 558.5 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (108/128); total (110/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 945,243 | 0 | T | A | 100.0% | 567.1 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (110/128); total (110/128) |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAACCTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTGGGTTACCACCAAAGTTTGGATTACGGAACTGGAAAGTCATGGTTCCAGCCCAACTTAATGGGCTAATAAGCATGAGTAGAACTACTGCATGTTTGACACGCATTGCAGCCTCCGAACAATTTTTTATTT > CP042583/944963‑945521 ||| cATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGc < 2:1743787/288‑1 (MQ=255) aTTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGccc > 1:1338658/1‑289 (MQ=255) ggTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTTGACTGTTGCCCACCTAAAAt > 2:846423/1‑289 (MQ=255) ttcttAGGGTGGGGAGGTAAAGGATCCGCTCAGTAACATGACGGCAGCCAAATGACATAAGTGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAGGCGGGGGCGTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTGACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGTTCACCATGCGTCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTgtgactgg < 2:1711716/288‑8 (MQ=255) tttAGGC‑GGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGc < 1:1432310/289‑1 (MQ=255) ttAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGc < 1:615062/289‑1 (MQ=255) ttAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGATGGTCGAGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTCGACAGTAGCCCACCTAAAATTTGTGACTGGATGGc < 2:687810/289‑1 (MQ=255) 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CATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAACCTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGCCATTATTTGGGTTACCACCAAAGTTTGGATTACGGAACTGGAAAGTCATGGTTCCAGCCCAACTTAATGGGCTAATAAGCATGAGTAGAACTACTGCATGTTTGACACGCATTGCAGCCTCCGAACAATTTTTTATTT > CP042583/944963‑945521 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |