| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 947,403 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 947,403 | 0 | A | T | 100.0% | 474.1 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (99/99); total (99/99) | |||||||||||
| * | CP042583 | 947,404 | 0 | G | C | 99.5% | 470.1 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (98/99); minor base A (1/0); total (99/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 947,405 | 0 | T | A | 99.0% | 474.6 / ‑2.7 | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (98/98); minor base G (1/1); total (99/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) aGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCTCAAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAgg > 1:1679568/1‑180 (MQ=255) aGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCTCAAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTTCGCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATGATTATCCAGAAAGGTTCTGGtaat > 1:461068/1‑289 (MQ=255) ||| TATTTACGTGGGTTTTAATACTTTGGTATGAACTAAAAAAGAAAAATACAACGCGCGGGTGAGTTATTAAAAATATTTCCGCAGACATACTTTCCATCGTAACGCAGCGTTAACAAAATACAGGTTGCGTTAACAACCAAGTTGAAATGATTTAATTTCTTAAATGTACGACCAGGTCCAGGGTGACAACATGAAAAACAAATTGTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATAGTGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTAGTTTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCAGTAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTAGCCAAGGTGCTTATGGTAATACTGCGATGATTATCCAGAAAGGTTCTGGTAAT > CP042583/947129‑947684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |