Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 482,467 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 482,467 | 0 | A | T | 99.6% | 598.0 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (130/121); minor base G (0/1); total (130/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 482,468 | 0 | G | C | 99.6% | 583.2 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (129/121); total (130/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 482,469 | 0 | C | G | 99.2% | 590.3 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (128/122); total (130/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GTAGTCTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCAAGCCTGAGTGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACAGCCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTG > CP042583/482186‑482746 ||| gttcacTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGGCCCTAAGTTTTTGACTCGGTTCAGCCGTCTCGGTGTGCCGATTAACTCGCTTATGCTTTCTGGCGCGCTCGCTTGCCtggt > 2:1255922/6‑289 (MQ=255) tgattgggggGTTTAATGGGGCTCTATCCGTGGGTGGAAGGGAAATCCAACATTAGACCGTTTGTGATGATTTTCCCTACTCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATGCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCtggtgg < 2:1433723/285‑1 (MQ=255) tcacTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCtggtgg < 2:1474275/286‑1 (MQ=255) tcacTGGGGGTTTTACTGGCCGCATAACCGTGGGTGGAAAGGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCtggtgg < 2:1485691/286‑1 (MQ=255) tggtggTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGtt < 1:1315898/289‑1 (MQ=255) gtggtTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTa < 2:1062228/288‑1 (MQ=255) gtTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCa > 1:1508119/1‑289 (MQ=255) 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tggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGCTGCTTTCCTGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAACGCGtt > 2:1515837/1‑289 (MQ=255) tggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGtt > 2:934881/1‑289 (MQ=255) tggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑AGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTAGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCATCTATCTGCTGCCTGCAAAAGCGtt > 2:1901924/1‑289 (MQ=255) cacagttAGCCCGTTTGTAATGATTTTCCAAAATGTCGACCGCAACGTGGTAGCGTCCGCGCTGAGTTTCGTCATTCTGGTTGCATCGCGGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTACCAGCCGAATTCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTACCTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCTCTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATg < 2:894106/283‑1 (MQ=255) cAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATg < 1:910028/289‑1 (MQ=255) aGCCCGTTTGTGATGATTTTCCGTAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGgcg < 1:810218/285‑1 (MQ=255) cccGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCtggtg > 1:1153938/1‑289 (MQ=255) tgatTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACgc < 2:56211/288‑1 (MQ=255) aTAATCTCGACAGCAACGTGGTATCTTTTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGGGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGaa < 2:445095/289‑1 (MQ=255) 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aaTCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACt < 1:155170/289‑1 (MQ=255) aaTCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACt < 1:508022/289‑1 (MQ=255) tctcGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTgg > 1:1352520/1‑289 (MQ=255) 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GTAGTCTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCAAGCCTGAGTGTGTATAACAG‑CGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCA‑GGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACAGCCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTG > CP042583/482186‑482746 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |