Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 951,938 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 951,938 | 0 | A | T | 100.0% | 431.4 / NA | 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 951,939 | 0 | C | G | 100.0% | 427.3 / NA | 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (94/87); total (94/87) | |||||||||||
* | CP042583 | 951,940 | 0 | T | A | 99.4% | 429.5 / NA | 181 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (94/85); minor base G (0/1); total (94/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CGTTTGCATGACAATAAAATTGAACATGCCATTACTCAGAATGGGCGGATACACAATAAAAATCGTTCTTCTTATTACCGCATAACCGATGCCGAGGCATAAAAAAATCACGCTTAGTTTTACCATGCTGAATTTTTTATTCGTTTTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGACTTATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGG‑ATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAG > CP042583/951659‑952217 ||| cGTTTGCATGACAATAAAATTGAACATGCCATTACTCAGAATGGGCGGATACACAATAAAAATCGTTCTTCTTATTACCGCATAACCGATGCCGAGGCATAAAAAAATCACCGATAGTTTTACCATCGAGAATTTTTTATTCGTTTTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGTGATATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAATGACAGCCCa > 2:437610/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |