Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 482,719 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 482,719 | 0 | A | T | 100.0% | 631.4 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (137/127); total (137/127) | |||||||||||
* | CP042583 | 482,720 | 0 | G | C | 100.0% | 624.8 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (137/127); total (137/127) | |||||||||||
* | CP042583 | 482,721 | 0 | T | A | 99.6% | 633.0 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (137/126); minor base G (0/1); total (137/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGCTCTCATCCATTCGATGAGAGCGGTTTTTTTAATTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGA‑GAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCG > CP042583/482445‑483000 ||| gATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCctgctg < 1:512969/289‑1 (MQ=255) gCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCg < 1:1054522/289‑1 (MQ=255) tttCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAGGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGgt < 1:532991/289‑1 (MQ=255) cgggAGAGATCACTGTGCTGGTGGTGTTTACCAAGTTGCTGCGGGCGGAAAAAGCGTTGGGTTTGCTGATGGCGCTGGTGGTGGCAACGCTGCTGTTGAACTGGGTTGTGAGCGGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTCTCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGtgtg < 2:1828992/287‑1 (MQ=255) ccGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGtgtg < 1:1231232/289‑1 (MQ=255) gCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTg > 1:153370/1‑289 (MQ=255) tgttgtTAGTCAACTATTTGCTGCCGGAGAATGCGTTTGGTTTGCTGATGGCGCTGGTGTGAGCAACGCTGCGGTTGACGTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGGGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGc < 2:1360945/286‑1 (MQ=255) tggtgTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGc > 1:828625/1‑289 (MQ=255) aaCTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGc < 1:1348526/289‑1 (MQ=255) cTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCt > 2:95285/1‑288 (MQ=255) cTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCt > 1:913512/1‑288 (MQ=255) aTCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCt < 1:1072688/286‑1 (MQ=255) aTCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCt > 2:1072688/1‑286 (MQ=255) tgcCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGTTGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCCTTTAAACTGCTGCGTCggca > 2:1771275/1‑287 (MQ=255) ccGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTTGCTTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAACACGCTGCGTCGGTAAt > 2:1449530/1‑289 (MQ=255) cGCAAAAGGCGTTTGGTCGTCTGATGGGGCTGGTGGTAGCAAGGGTGCGTTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAAt < 2:1688246/288‑1 (MQ=255) aGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCAtt < 1:1197182/289‑1 (MQ=255) cGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTAAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCTTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTTCCGGTTTGGATTGTATTCCTGGTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGACATAAGGCATTc > 1:1253364/1‑288 (MQ=255) ggCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGa < 2:1577066/221‑1 (MQ=255) ggCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGa > 1:1577066/1‑221 (MQ=255) gggttggtggtggCAACGCTGCGGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGAATCTGCGTTTTCGGGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACaaa < 2:1191129/284‑1 (MQ=255) gcTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACg > 1:1180601/1‑289 (MQ=255) tggtggTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAGATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGAt > 2:185183/1‑289 (MQ=255) gttgCAACGGTGCTGTGGAACTGGATTTGGATCTGTGTGGCGCAGTGTCGTTGTCGTGCAGCGATGCGACGTCCGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCaa < 2:1259587/286‑1 (MQ=255) tggCAAAGCTGCTGTTGAACTGGATTAGGATGTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGGGATGCGACGTCGGGGGCGTGAAACACCGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCaa < 2:461376/286‑1 (MQ=255) taggacggctgctGTTGAACTGGTTTATGACCTGTCTGGAGCACCTGCGTTTTCGGGCAGCGATGCTACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCaa < 2:1352520/281‑1 (MQ=255) tAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTTCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTAGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCaa < 1:1058638/288‑1 (MQ=255) tAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCAGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCaa < 1:808146/288‑1 (MQ=255) 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tgctgTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGaa > 1:1674378/1‑288 (MQ=255) ctgTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAAcc > 1:1009420/1‑289 (MQ=255) tgacgtgttttATGATCTGGCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGTCTTGAATCACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCTACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATCTGCGCTTGTCAGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGct < 2:1210097/279‑1 (MQ=255) 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GATGCTTTCCGGAGCGATCACTAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGTGGATTGTATTCCTGTTTATGGCATTTAAAACGCTGCGTCGGAAATAAGGCATTCACGCTACATCCGACAAAACGATGTCAACCATCCGAAACCGCTCTCATCCATTCGATGAGAGCGGTTTTTTTAATTACTGCTTAAATGCACCCGCCAGA‑GAGCGAATATCATTGCCGGTTGGCGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCG > CP042583/482445‑483000 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |