| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 441,596 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 441,596 | 0 | A | T | 98.0% | 461.0 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (111/89); minor base C (3/1); total (114/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,597 | 0 | G | C | 99.5% | 471.0 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (112/92); minor base T (1/0); total (114/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,598 | 0 | C | G | 99.5% | 478.2 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (113/91); total (114/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
ACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGCCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGAGCCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCA > CP042583/441320‑441876 ||| aCTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGa > 1:247986/1‑289 (MQ=255) cTATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGAt < 2:1396439/289‑1 (MQ=255) tATCACCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGTCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCTGTCGGTGATGGTCTTGTTGATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAACTTTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGCTGGCGGTGAtg > 1:1033944/1‑289 (MQ=255) cgccTGGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGcc < 1:496541/287‑1 (MQ=255) aCCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATCGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACAGCC‑GTTCGCGCTCCCGGTGGCGGTGAtgctgt > 2:1089843/1‑285 (MQ=255) aCCCTTGGTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCTGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCgggtatggcc > 2:1375405/1‑280 (MQ=255) ggTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGTCGGTGATGTTCCTTGt > 2:1496691/1‑287 (MQ=255) ggTGAAGCATCGCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGt > 1:1249981/1‑287 (MQ=255) gcctcgcgcgGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCga > 1:534002/7‑289 (MQ=255) gcatcgcgcgGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCACAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGGTTCG‑GCTCTAGGTGGCGGGGATGTCCGTGGTatcggggg > 2:881281/7‑282 (MQ=255) 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atcgcgcgGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCg < 2:470951/282‑1 (MQ=255) cgcgcgGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCgatgat > 1:26909/3‑289 (MQ=255) gcgcgGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCCCC‑GTTCGCGCTCTCGGTCGCGGTGGTGTGCCTGGTACTTGCGATGAtt > 2:899569/2‑289 (MQ=255) 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ccGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGt < 1:338478/118‑1 (MQ=255) ccGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACgg > 1:756646/1‑289 (MQ=255) aCCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGc > 1:1335269/1‑289 (MQ=255) cccGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCg > 1:790761/1‑289 (MQ=255) ttAAACTTCAGTTCACGCC‑GTTCGGGCTCGCGGTGGCGGTTATGTGCCGGGTACGGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACTTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTTCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCgggg < 2:824704/289‑1 (MQ=255) cacattaagtctccgcc‑gTTCGGGCTTCCGGTGGGGGTTATGTGCCGGTTGCTGGCGATGTTTATCTTCCTGCCGAAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCa < 2:1704691/277‑1 (MQ=255) ccgcc‑gTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGtttttt < 1:730176/289‑1 (MQ=255) ttCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCg > 1:1330184/1‑288 (MQ=255) tCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTCGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCgca > 1:1695192/1‑289 (MQ=255) ||| ACTATCACCCTTGGTGAAGCAAGCCGCGGGACACCGATCAACGATATCGCCACCAGCCTGGCAGTGGGGATTGCACTCTCCGGCGTGCTGACGATGTTGATTGGTTTTAGCGGATTAGGCCATCGCCTGGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTTTGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCC‑GTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGTGCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGCCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGAGCCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCA > CP042583/441320‑441876 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |