Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 484,649 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 484,649 | 0 | G | C | 99.6% | 572.1 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (128/116); total (128/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,650 | 0 | C | G | 99.6% | 575.1 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (127/117); minor base T (1/0); total (128/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,651 | 0 | T | A | 98.4% | 559.5 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base A (126/115); total (128/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
ACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGA‑AGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGG > CP042583/484374‑484925 ||| cGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGA‑AGTCATCGCCTAAACCTCGCGATATGTTCAGGTCCggggt > 2:1865837/1‑286 (MQ=255) cTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGA‑AGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCa > 1:707176/1‑289 (MQ=255) cTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGA‑AGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCa > 1:1206070/1‑289 (MQ=255) ttATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGA‑AGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGc < 1:1835855/289‑1 (MQ=255) ttGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGA‑AGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCg > 1:304392/1‑288 (MQ=255) aTAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGA‑AGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGa > 1:614031/1‑284 (MQ=255) aTAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGA‑AGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGa < 2:614031/284‑1 (MQ=255) 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tCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAAcca > 1:332317/1‑287 (MQ=255) ||| ACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATGCTGGTTTCTGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGA‑AGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGG > CP042583/484374‑484925 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |