Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 484,763 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 484,763 | 0 | G | C | 100.0% | 710.6 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 484,764 | 0 | C | G | 99.7% | 707.1 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (168/131); total (169/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,765 | 0 | T | A | 99.7% | 704.4 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (169/129); total (169/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCC > CP042583/484484‑485042 ||| tCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCtt < 1:1481540/286‑1 (MQ=255) 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cAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTAcgg > 2:1892047/1‑289 (MQ=255) cAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTAcgg > 1:140018/1‑289 (MQ=255) tAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTAcggt < 2:474371/286‑1 (MQ=255) 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tgttTGCGGCAGACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGACGACGGTCGACGACCGGTGTGATCCACGCCATCAATAGTGCCACCGGTATTCTGTCCGTTCCGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTATCCAGCGTCACCGTCTGGTTAACGAGGATATCATTGGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCATCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCa < 2:1718155/288‑1 (MQ=255) tgttTCCGGCAAACATCGAGAAAATTTCTGATTTTGAATACGGTCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGACCTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAg < 2:1201280/289‑1 (MQ=255) ttttCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAACCAATCGGCTGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCCCGTCATCAAGATCGATATCGACGACATCCTGGGTCCCTTCTTCGTTAAATTTCTCTTCTGTACCCCCCGCCAGa > 2:821664/1‑288 (MQ=255) cGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTc < 1:1740218/289‑1 (MQ=255) ggCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTcc > 1:1201280/1‑289 (MQ=255) ||| TGCTTTCAGGTCATCGTTACCTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCTGGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCC > CP042583/484484‑485042 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |