Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,045,571 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,045,571 | 0 | A | T | 95.6% | 394.5 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (100/75); minor base C (8/0); total (108/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,045,572 | 0 | G | C | 98.9% | 417.1 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (108/73); total (108/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,045,573 | 0 | C | G | 100.0% | 424.7 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (108/75); total (108/75) |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TCGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTAGCCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCAGCATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTT‑GTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA > CP042583/1045291‑1045850 ||| tCGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGat < 1:778602/289‑1 (MQ=255) 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gATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTGGCTATACTGCGCGCGAAGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTAACGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCTTGCGCACCATGACGTTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACTCCTTGCCCGCAGG‑CTGGTATTGGTAAGCCGGTTGGGCTGTgggg > 1:471324/1‑289 (MQ=255) gATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTTCGCCGGTTGAGCCgggggg > 1:1578362/1‑289 (MQ=255) gATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTgggg > 1:959574/1‑289 (MQ=255) 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gagaTTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGTCTATGCTAGCGGTCGATTTAACGACTTGGCCGCCGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGGGCTGTTGGGCAAGGAGGTCAACATTTGTGTTG‑Tcgct > 2:1156128/1‑287 (MQ=255) gagaTTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCCAGGGGATCAAAATTGCATATG‑Tcgcc > 2:574953/1‑288 (MQ=255) gagaTTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑Tcgcc > 1:1560454/1‑288 (MQ=255) attGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGGTGGGCAAGGAGACCAAAATTGAATATG‑TCGCCGCCGCt > 2:170248/1‑288 (MQ=255) attGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCCAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTACTGGTACGCTGGTTGAGCTTTGGGGCACGGAGATAGAAATTGTTGATG‑Tcggccgcggt > 2:452006/1‑280 (MQ=255) ggTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGc > 1:1536203/1‑244 (MQ=255) 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gggACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTT‑GTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGa > 1:1622860/1‑289 (MQ=255) gggACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTT‑GTGACGGGGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCGTTGGGGCGCAAAAAAATCATCCATCCTGCGTGGCCGCCACTGTAGTTGTTAAGTCGACAGAGCCATTGCCCAAGa > 2:911016/1‑289 (MQ=255) ||| TCGGCCTGGCATTATTTTGTATGGCGCTAGCCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCAGCATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGG‑CGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATG‑TCGCCGCCGCTGCCGGAACGG‑TGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTT‑GTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGA > CP042583/1045291‑1045850 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |