Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 484,781 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 484,781 | 0 | A | T | 99.0% | 711.2 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (166/131); minor base G (0/3); total (166/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.80e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,782 | 0 | C | G | 99.3% | 704.3 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (164/133); minor base T (2/0); total (166/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 484,783 | 0 | T | A | 99.0% | 697.6 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (165/130); minor base C (1/2); total (166/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGG > CP042583/484504‑485061 ||| cTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGGTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCt < 1:1620567/289‑1 (MQ=255) cTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCt < 1:1169010/289‑1 (MQ=255) cAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTTTGCTTTTGAATACGGGCTAcgg > 1:1506329/1‑289 (MQ=255) tggtgtcggcccacGTTGGAATAGCACACCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTGGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTCTAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCCGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTAcggt < 2:1904017/278‑1 (MQ=255) tAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTAcggt < 2:474371/286‑1 (MQ=255) agcagcCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTAcggtcggt > 1:213014/1‑289 (MQ=255) cagcCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCggtgg > 1:430374/1‑289 (MQ=255) 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aTAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGTTACTCACGCCATCAAt < 1:1891213/288‑1 (MQ=255) aaCCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAgcgc < 1:1421361/288‑1 (MQ=255) tGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGCGATATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGCGAGAAAATTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCgg > 1:328770/1‑289 (MQ=255) 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gggAAAATTTCTCCTTTTGAATACGGGCTCCGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACg < 2:810391/285‑1 (MQ=255) ggaaaaaTTTCGGCTTTTAAATACGGGTGACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACgcg < 2:1105596/286‑3 (MQ=255) aaaTTTCTGCTTTTGAATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCGCCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACgcgagt < 2:1196499/288‑6 (MQ=255) ||| CTTGCAGATAGCAGCCGCCCGCGCTGGCATAGCAACCCTGACCTTTACTGTAGAGAATGTAGTTCGGGTTAGTCT‑GGTACAGGCTCGGCGCTTTATAAGCACGGGCGATGCCCATTTTCAGCGTGAAGTCATCGCCTAAACCTTGGCTTATGTTCAGCGCCGGGCTCCAGTTATTGCCGACAATACTGTGATGATCGAAACGCAGCCCCGGCGTTACGATGGTGCTGTCAGTCAGCTCCATGTTGTTTTCGGCAAACAGGCTGAAAATTTCTGCTTTACTATACGGGCTACGGTCGGTGGTACTCACGCCATCAATAGCGCCACCGGTATTCGTTCCGGTCAGTGCCTGGGTGTTGGAACTTAAGTCCTTCATCCGTTGCTGATTCCACTCCGTACCCAGCGTCAGCGTCTGGTTAACGAGGAAATCAATCGGCAGGTTAACTTCGCTGTGCAGCATCACGTCATCAAGATCGATATCGACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGG > CP042583/484504‑485061 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |