Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,454,571 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,454,571 | 0 | A | T | 100.0% | 643.4 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,454,572 | 0 | G | C | 99.6% | 639.5 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (122/145); minor base A (0/1); total (122/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,454,573 | 0 | T | A | 99.2% | 632.2 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (122/144); minor base C (0/2); total (122/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
CTAACTAAGGAAAATCGCGATCAAAAACAAACTATGACATGCAATATTCCTGGAAACATAAACTTTATGCCATGTACCCAGGGAAAATCATCTTCAGTATAGTAATTATGTAAACCGTCGGAGAACAATACGTACGGTAACGAAATTATCTTTCAGCAAGGAGCTGTGAAAATGTCTCAAAATAAGGCTTTCAGCACGCCATTTATCCTGGCTGTTCTTTGTATTTACTTCAGCTACTTCCTGCACGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGAGTTCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACAGTGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAAT > CP042583/1454292‑1454847 ||| ctaactaaGGAAAATCGCGATCAAAAACAAACTATGACATGCAATATTCCTGGAAACATAAACTTTATGCCATGTACCCAGGGAAAATCATCTTCAGTATAGTAATTATGTAAACCGTCGGAGAACAATACGTACGGTAACGAAATTATCTTTCAGCAAGGAGCTGTGAAAATGTCTCAAAATAAGGCTTTCAGCACGCCATTTATCCTGGCTGTTCTTTGTATTTACTTCAGCTACTTCCTGCACGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGTCATCTCTg > 1:1595891/1‑288 (MQ=255) 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CTAACTAAGGAAAATCGCGATCAAAAACAAACTATGACATGCAATATTCCTGGAAACATAAACTTTATGCCATGTACCCAGGGAAAATCATCTTCAGTATAGTAATTATGTAAACCGTCGGAGAACAATACGTACGGTAACGAAATTATCTTTCAGCAAGGAGCTGTGAAAATGTCTCAAAATAAGGCTTTCAGCACGCCATTTATCCTGGCTGTTCTTTGTATTTACTTCAGCTACTTCCTGCACGGCATTAGTGTTATTACGCTTGCCCAAAATATGAGTTCTCTGGCGGAAAAGTTTTCCACTGACAACGCGGGCATTGCCTACTTAATTTCCGGTATCGGTTTGGGGCGATTGATCAGTATTTTATTCTTCGGTGTGATCTCCGATAAGTTTGGTCGTCGGGCGGTGATATTAATGGCAGTAATAATGTATCTGCTATTCTTCTTTGGTATTCCCGCTTGCCCGAATTTAACTCTCGCCTACGGTCTGGCAGTGTGCGTAGGTATCGCTAACAGTGCGCTGGATACGGGTGGCTACCCCGCGCTCATGGAAT > CP042583/1454292‑1454847 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |