Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 485,258 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 485,258 | 0 | G | C | 99.5% | 480.5 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 485,259 | 0 | C | G | 100.0% | 477.0 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (98/108); total (98/108) | |||||||||||
* | CP042583 | 485,260 | 0 | T | A | 100.0% | 480.4 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (98/108); total (98/108) |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGC‑TGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGCCGTG > CP042583/484982‑485536 ||| acgaAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGgc > 1:411142/1‑288 (MQ=255) tgtgTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATccc > 1:1389186/1‑289 (MQ=255) gtgtCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCa < 1:1840658/289‑1 (MQ=255) ttCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACg < 1:1090054/289‑1 (MQ=255) ttCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACg < 1:334548/289‑1 (MQ=255) ttCGTTAAATTTCCATTCGGTTCCTCCCGTCAGACCTTCCGGAATACGCTAGTTACTGTTGTGTTCGTACTGTACCCATTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCCGCCCCCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTTGCGATTCAGACGGTTGGTTTCATTGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACg < 1:747520/289‑1 (MQ=255) tAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCAt < 1:1290869/288‑1 (MQ=255) aaTTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTaa < 1:1912678/289‑1 (MQ=255) ttCGGTCCCGCCCGCCAGACCGTCGTGAATACGTGAGTTACGGGTGTGTTCGTGCTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTGATCCCAGCCAGCGTGCCCGGTCTGCGCGTAGGTCTGGCGATACGGCCGGTTGGGTTCGTCGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTttg < 2:1722824/289‑1 (MQ=255) ttCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGCGAGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTCG‑AGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTttg < 2:799830/289‑1 (MQ=255) 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tGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGCGATTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCCCATTGAAATATGCGt > 1:1322993/1‑288 (MQ=255) tatccTGCTTCCAGTTCCAGTGACTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACACCATTAATATCTGTGTTGAGTCCCCCTTGGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATGCGTGCCGGCACGCGCGGACTGATCGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTccc < 2:960754/286‑1 (MQ=255) tgattccagttccagCGATTGCAATTGCGCGAAAGCCCAGCGCACATGGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAg < 2:459120/286‑1 (MQ=255) 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GACGAAATCCTGTGTCGCTTTTTCGTTAAATTTCCCTTCGGTACCGCCCGCCAGACCTTCCGGAATACGGCTGTTACGGGTGTGTTCGTACTGCACCCAGTTGCTGGTGGTCACGCCGTTATCCCAGCCACCGTTCCAGGTCAGCGCGTAGTTCTGGCGATACAGACGGTTGGTTTCATCGCCATATTTGC‑TGC‑GGGTATAGGAATCGGAGTTGGTATTCTGGGTGTCGCCCGCATACAGGTTACCCTGGCGGCTGTAACCTGCTTCCAGTTCCAGGCTTTGCAATGGCGCGAAATCCCAGCGCACCACGCCATTAATATCTTTGTTGATTACCCCTTCGCGCCCGGCTGGTAACGTCGTGGCATACGTTCCGGCACGCGCGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTCTTTATGTTCTGGCGCATTGAAATATGCGTCCCAGGAGCCGTG > CP042583/484982‑485536 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |