Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,455,938 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,455,938 | 0 | A | T | 99.5% | 502.8 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,939 | 0 | G | C | 100.0% | 504.9 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (110/103); total (110/103) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,455,940 | 0 | C | G | 99.5% | 500.3 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/102); minor base A (0/1); total (110/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTAAGCCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTAAGCATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGG‑TGGTGCCAGTACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTT > CP042583/1455659‑1456218 ||| gAAAATGATGTGCGGTTTGACGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACAAAATTAAGCATAGAGGTTAAAGAAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATAGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTAACGCCCGAAATGCAGAATAAAGACTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTGCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTAAAAGATTAAAAGCCCTCAAAATGCACGGAACTGGTGTATCGATGCCGaa < 2:1593102/289‑1 (MQ=255) 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acacAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGAAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGTCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGcc < 1:148139/289‑1 (MQ=255) caATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCaaa < 1:163897/289‑1 (MQ=255) ttAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACtg > 2:1714114/1‑289 (MQ=255) 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aTAGAGGTTAAATGAGTTAATTATGGATGTTACCTCAAAATACGATTTGATTTGTTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATAGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATGTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGACAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTgggg < 2:495683/289‑1 (MQ=255) aTAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTgggg < 2:855013/289‑1 (MQ=255) aTAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTgggg < 1:1771105/289‑1 (MQ=255) 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TGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTGGGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTAAGCCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTAAGCATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCATCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGTGGCTATAACACCGACGGCACGGGCCATATTCGCGCCATTAAAGAGAGCGGTTTTGATATCAAAGGCAAAACGATGGTGCTGTTAGGGGCCGG‑TGGTGCCAGTACGGCAATTGGCGCGCAGGGGGCAATTGAAGGTTTAAAAGAAATTAAACTCTTTAACCGTCGGGATGAGTT > CP042583/1455659‑1456218 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |