| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,465,129 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,465,129 | 0 | A | T | 100.0% | 491.2 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,465,130 | 0 | G | C | 99.0% | 483.8 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (108/97); minor base A (2/0); total (110/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,465,131 | 0 | C | G | 100.0% | 483.8 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (110/97); total (110/97) | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTAGCCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCG‑ATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCAAGCTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAAAGTGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCGGGAAGCAGAACTGGTGTGGGTGCTCAATAAGTGTCAGGCAAAAATGTTCTTTGCACCGACGTTGTTTAAACAAACGCGTCCGGTAGATTTAATCCTGCC > CP042583/1464851‑1465409 ||| tgCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCG‑ATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCtata > 1:266868/1‑288 (MQ=255) gCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCG‑ATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAg < 1:254473/288‑1 (MQ=255) ggTAACACTTTTCTCGAACAGTGGAAATATCCCGCAGGCCCCTTCGGTATTGCTTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCG‑ATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAgcg < 2:502682/288‑1 (MQ=255) ggTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCG‑ATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAgcg < 2:1100313/288‑1 (MQ=255) cTATACTCGGACAGTGGCAATCTCCCGCGGGCACGTTAGGTATTGATTTTCGCAACGGCTAACCATGCCACCCCCAGGCCCGCATGTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGCGAGTCACACAAGAAAGGGACATTAACGTTTAGCGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTTGGCGATTACTGGCAGCAGACCGGTCGTGCG‑ATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGAt < 2:612617/289‑1 (MQ=255) ctcGAACAGTGGCAATATTCCGCAGGCACGTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCTCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTCATGTTCTGCTTCGCGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCCTGCGGCCTATCCTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCTCTCGTCCGCATG‑CAGACATACTTTCCGTGGTCGAAAATCTTGGTGCATAGTACAGCTATAGCGCGCCTGATCTcg > 2:573978/1‑288 (MQ=255) cattGGCAATAGCCCGCAGGAACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGACTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCG‑ATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAg < 2:1711251/286‑1 (MQ=255) 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gTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCGGGAAGCAGAACTGGTGTGGGTGCTCAATAAGTGTCAGGCAAAAATGTTCTTTGCACCGACGTTGTTTAAACAAACGCGTCCGGTAGAtt > 1:1573750/1‑289 (MQ=255) tGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCGGGAAGCAGAACTGGTGTGGGTGCTCAATAAGTGTCAGGCAAAAATGTTCTTTGCACCGACGTTGTTTAAACAAACGCGTCCGGTAGATTTAATCCTGcc > 1:953204/1‑288 (MQ=255) ||| CTGTGCGGTAACACTATTCTCGAACAGTGGCAATATCCCGCAGGCACCTTCGGTATTGATTTTCGCTACGGCTAATCATGCATCCCACAGGCCCGCATCTCGGGCCTGATGTTCTGTTTCGAGAGTCCAACATGAAAGTGACATTAACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTAGCCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCG‑ATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCAAGCTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAAAGTGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCGCTGTTGCCTTCCTGGCGGGAAGCAGAACTGGTGTGGGTGCTCAATAAGTGTCAGGCAAAAATGTTCTTTGCACCGACGTTGTTTAAACAAACGCGTCCGGTAGATTTAATCCTGCC > CP042583/1464851‑1465409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |