| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 441,719 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 441,719 | 0 | A | T | 99.0% | 455.7 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (97/97); minor base G (0/2); total (98/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,720 | 0 | G | C | 99.5% | 464.0 / ‑5.1 | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (97/100); minor base T (1/0); total (98/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 441,721 | 0 | C | G | 99.5% | 455.0 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (97/99); total (98/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
GGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGCCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGAGCCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCT‑TTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTAGTCCGTTTGTTAGTTCCATTGGTTTA > CP042583/441448‑441994 ||| tATTTACGCCGTCGGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCa < 1:1496691/289‑1 (MQ=255) gccgtcggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACTGGCTGGTTGTTGTTGGAATTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGTGTTGCTCTGGCAg > 1:1405672/8‑289 (MQ=255) gccgtcggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGGTGTTGTGGTACTTTTTCTTTCCTTCTTCGCACTTCCTCCTCGGTCAGTTGCACTGGCAg > 2:1322326/8‑289 (MQ=255) ccgtcggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGt > 1:1172092/7‑289 (MQ=255) cgtcggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAggg > 1:1197637/6‑287 (MQ=255) tcggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGt > 1:926781/4‑289 (MQ=255) cggTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGt > 2:1586502/3‑288 (MQ=255) gtgtTGGTTTTGTTTGAGTGGTGGCGGGGCGCGAA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCGCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCGGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTc < 2:1840982/288‑1 (MQ=255) tCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCg > 1:1126525/1‑288 (MQ=255) cTTGTTTATGTTGTTGGCGGG‑GGGCAGGCTTACCAGTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGGCCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGc < 2:162211/289‑1 (MQ=255) 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aTGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCCCTCCGGTGGGTTGCACTGGCAGTGGGTCCCGCTCGGCCGGGGCGGTGCtt > 2:513523/1‑289 (MQ=255) tGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGGGGGTCCCGCTGGGCAGTGGCGGTGCttt > 2:730176/1‑289 (MQ=255) gggCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTgtc > 1:64775/1‑286 (MQ=255) 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aCCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAattat > 2:928187/1‑287 (MQ=255) tATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGTCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGAcg > 1:1590749/1‑289 (MQ=255) tCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTTTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTTTCGCCGGGAATTCTTCTGAcggc > 1:1151415/1‑289 (MQ=255) 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ttttCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGt < 1:513523/289‑1 (MQ=255) ttttCAAAGGTAGGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCTCGGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGt < 2:1393786/289‑1 (MQ=255) gtttCAATGGTGTGCTCGGGCTGCGGGT‑GGGCATAGCGGTACCGGATTGTAAATTTCAGTTACCGCAGGTCGCGCTCTCGGGGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGGTGATTATCTTCCTGCCGGAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGt < 2:608312/288‑1 (MQ=255) 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aCTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTGGGTCTCCGGTGGGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGGGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCT‑TTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTTCACCGTTTGTTTCATCCATTgg < 2:1335269/289‑1 (MQ=255) aCTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCT‑TTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTTCACCGTTTGCTTCATCCATTgg < 1:1007557/289‑1 (MQ=255) cTTTTGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCT‑TTGTGGCGACCGGATTTATg < 2:1130963/229‑1 (MQ=255) ttGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCT‑TTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCAtttt > 2:747756/1‑262 (MQ=255) ttGCTTTCCTTCTTCGCACTCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCT‑TTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCAtttt < 1:747756/263‑2 (MQ=255) ttGCTTTCCTTCTTCGCACGCGCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGTCGCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCT‑TTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTTCACCGTTTGTTTCATCCATTGGTtta < 1:714404/289‑1 (MQ=255) ||| GGCACGGTTATTTACGCCGAGCGTGATGGTCTTGTTTATGTTGATGCTGGGCGCGCA‑GCTGACCACTATCTTTTTCAAAGGTATGCTCGGGCTGCCGTT‑TGGCATAGCCGACCCGAATTTTAAAATTCAGTTACCGCCGTTCGCGCTCAGCGTGGCGGTGATGT‑GCCTGGTACTGGCGATGATTATCTTCCTGCCGCAACGTTTTGCCCGTTATGGCCTGCTGGTCGGCACCATAACCGGCTGGTTGTTGTGGTACTTTTGCTTTCCTTCTAGCCACAGCCTCTCCGGTGAGTTGCACTGGCAGTGGTTCCCGCTCGGCAGTGGCGGTGCTTTGAGCCCGGGAATTATTCTGACGGCGGTGATTACAGGTCTGGTAAATATCAGCAATACCTACGGTGCGATTCGGGGCACGGATGTTTTTTATCCGCAGCAGGGCGCAGGGAATACGCGTTATCGTCGTAGCT‑TTGTGGCGACCGGATTTATGACGCTGATAACCGTACCGCTGGCGGTAATTCCATTTAGTCCGTTTGTTAGTTCCATTGGTTTA > CP042583/441448‑441994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |