Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,471,013 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,471,013 | 0 | A | T | 99.0% | 481.3 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (98/106); minor base G (1/1); total (100/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,471,014 | 0 | G | C | 99.5% | 487.4 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (99/107); total (100/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,471,015 | 0 | C | G | 99.5% | 487.4 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (100/107); total (100/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTAGCGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑AGCCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCAATGGCTCTACGGCGATTGCTGGAATTATGGCGGAAAGTTTC > CP042583/1470745‑1471294 ||| tcgggggCTGGCTCAGAAATTAATTTGACAGCTAAAGCAGCGCGCCATCGCAGCCGCGACCGTGTTCGTCGATCTGATGGCACGTCAGTTTAGTGCTGATTTATACAGTTGGGGCGAGATTGGCGCACGTACGACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAGATGGCTTGGGCGCTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCACTACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 2:277660/282‑1 (MQ=255) tCTGGAGCTGGCGGGGAAATTACTTTTACAGGTAAAGGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCACTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGAACGAACTACCGAAAGTCAGTTCCACAGCTAAATGGCTTCGGCACTCACCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGAAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGAGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 2:1648145/288‑1 (MQ=255) tCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGGGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAAGCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 1:1482649/288‑1 (MQ=255) tCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 2:689594/288‑1 (MQ=255) tCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 1:1241315/288‑1 (MQ=255) ggAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGAcc < 1:1893673/289‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACGGGTAACTGGGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 2:524964/288‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCTACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 1:1694769/288‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 1:675615/288‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 1:978654/288‑1 (MQ=255) 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cTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCCCGATTGGCGCCCGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCa < 2:485586/289‑1 (MQ=255) tAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCATTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGt < 2:1090252/285‑1 (MQ=255) aaTGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑TCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGcc < 1:57382/289‑1 (MQ=255) 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CGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTAGCGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTC‑AGCCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCAATGGCTCTACGGCGATTGCTGGAATTATGGCGGAAAGTTTC > CP042583/1470745‑1471294 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |