Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,482,713 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,482,713 | 0 | A | T | 99.6% | 579.9 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (121/122); total (123/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,482,714 | 0 | C | G | 99.2% | 574.9 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (121/122); minor base T (2/0); total (123/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,482,715 | 0 | T | A | 99.6% | 570.0 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (122/121); total (123/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.84e-01 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
AGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCACTTTCCACCTCTTTATCACCACAGACCAGCATATATGGGACGCGACGCAAAGTGTGCTCGCGGATTTTAAAGCCAATCTTCTCATTTCTCAAGTCTGCTTTAACACGAATGCCCGCATTACTTAGTTTTTGCGTCAATTCGTTAACGTATTCAGACTGACTATCGGTAATATTCATGATAACAACCTGAACCGGCGCAAGCCAGGTCGGGAAGAAACCAGCGAACTCTTCGGTCAGGATACCGATGAAACGTTCCATGCTCCCCAGAATTGCGCGGTGA > CP042583/1482433‑1482992 ||| atgcgagtacagCTTATTCCGCTCTCTCCCGAGCTTCTCCCAGACTCACAATACCAGGCTGCTCGGATTCCAGACCGGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGACGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTCATACCTTATTCCTCCAATGGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCAc < 2:1472293/278‑1 (MQ=255) aGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCAc < 1:1524344/289‑1 (MQ=255) aGTCTACTACGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTTTCAGACTCCAACTACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAATTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCAc < 2:973406/289‑1 (MQ=255) gTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCAc > 2:1223829/1‑288 (MQ=255) cTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACctc < 2:1895486/289‑1 (MQ=255) aCTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGGTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCTGGTGCGAACGGCCACTTTGCCTTATTCCACCTCtt > 2:22205/1‑289 (MQ=255) cTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCttt < 1:1555550/289‑1 (MQ=255) 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atGCTTTCTCCGTAGCTTCTCTCAGACTCACAATTCCCAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGAc < 2:992603/288‑1 (MQ=255) tGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGAcc < 1:139198/289‑1 (MQ=255) tGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGAcc < 1:717544/289‑1 (MQ=255) 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ggCAACTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGACCAGCATATATGGGACGCGACGCAAAGTGTGCTCGCGGATTTTAAAGCCAATCTTCTCATTTCTCAAGTCTGCTTTAACACGAATGCCCGCATTTGATAGTTTTTGCGTCAATTCGTTAACGTATTCAGACTGTGAATCGGTAATATTCATGATAACAACCTGAACCGGCGCAAGCCAGGTCGGGAAGAAACCAGCGAACTCTTCGGTCAGGATACCGATGAAACGTTCCATCGACCCCAGAATTGCGCgg < 1:733352/289‑1 (MQ=255) aaCTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGACCAGCATATATGGGACGCGACGCAAAGTGTGCTCGCGGATTTTAAAGCCAATCTTCTCATTTCTCAAGTCTGCTTTAACACGAATGCCCGCATTTGATAGTTTTTGCGTCAATTCGTTAACGTATTCAGACTGTGAATCGGTAATATTCATGATAACAACCTGAACCGGCGCAAGCCAGGTCGGGAAGAAACCAGCGAACTCTTCGGTCAGGATACCGATGAAACGTTCCATCGACCCCAGAATTGCGCGGTg < 1:526832/288‑1 (MQ=255) aaCTTTGCCTGATTCCACCTCTTTATCACCACAGACCAGCATATATGGGACGCGACGCAAAGTGTGCTCGCGGATTTTAAAGCCAATCTTCTCATTTCTCAAGTCTGCTTTAACACGAATGCCCGCATTTGATAGTTTTTGCGTCAATTCGTTAACGTATTCAGACTGTGAATCGGTAATATTCATGATAACAACCTGAACCGGCGCAAGCCAGGTCGGGAAGAAACCAGCGAACTCTTCGGTCAGGATACCGATGAAACGTTCCATCGACCCCAGAATTGCGCGGTGa < 1:340304/289‑1 (MQ=255) ||| AGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCACAATACCAAGCTGCTCGCCTTCCAGACCTGTTAAGCGAACTTCCTGGGCGCGAATTTCGCCATTGATACGGTTAGGGCGCGCCGTTTGAACTCGTTTTCCGCCTTTAATACCTTATTCCTCCAATTGTTTAAGACTGCGGCTGCGAATCTCTTGTTGCAGCTTCTCGATCACTTCATTTACGTCCATGCTTCCCAGGTCTTTACCACGGCGGGTGCGAACGGCAACTTTGCCACTTTCCACCTCTTTATCACCACAGACCAGCATATATGGGACGCGACGCAAAGTGTGCTCGCGGATTTTAAAGCCAATCTTCTCATTTCTCAAGTCTGCTTTAACACGAATGCCCGCATTACTTAGTTTTTGCGTCAATTCGTTAACGTATTCAGACTGACTATCGGTAATATTCATGATAACAACCTGAACCGGCGCAAGCCAGGTCGGGAAGAAACCAGCGAACTCTTCGGTCAGGATACCGATGAAACGTTCCATGCTCCCCAGAATTGCGCGGTGA > CP042583/1482433‑1482992 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |