Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,497,792 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,497,792 | 0 | A | T | 99.3% | 666.6 / ‑5.9 | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (148/135); minor base C (0/2); total (148/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,497,793 | 0 | G | C | 99.7% | 666.1 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (148/136); total (148/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,497,794 | 0 | C | G | 99.7% | 671.5 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (147/137); minor base A (0/1); total (148/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TGACTGACGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGAAGCGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTAGCCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACGCGCGCAAGTTTAAAGCAACAATCAAGATCGCTGACCAGGGTGAAGAAGGGATTGTGGAAGCTGACAGCGCTGACGGTAGTTTTATGGATGAACTGCTAACGCTGATGGCAGCACACCGCGTGTGGAGTCGCATTCCTAAGATTGACAAAATTCCT > CP042583/1497514‑1498073 ||| tgactgacGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGt < 1:165247/289‑1 (MQ=255) actgacGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCg > 2:1642018/1‑289 (MQ=255) cgacCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGATGc < 2:256250/288‑1 (MQ=255) cgacCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGATGc < 1:1682749/288‑1 (MQ=255) aGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCAt > 1:556913/1‑289 (MQ=255) tGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCAtt < 1:1492259/287‑1 (MQ=255) ctgccccccACCGCCCGACGGTAACGGTCTGAAAAAGGAACCCTCCTTAAGTGTGTACCGCATTCCTGGCGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACGTAATGATGAAGTGGGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGGAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGGTGCGGTCATTGTCCCt < 2:1195800/284‑1 (MQ=255) tCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTg < 2:1061201/289‑1 (MQ=255) ccccACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATCGCCGCTACCTTTGCCGGTGCCC‑CTTCGCTGGCGGTCCGTGCGGCCCTTGTCCCTTTCgg > 2:1708910/1‑289 (MQ=255) ccccACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCgg > 1:957124/1‑289 (MQ=255) cACCTCCGGACGTCAACGGTCTGACAAAGGATCCATCCTTAAGTGTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAATTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCaa > 1:241090/1‑289 (MQ=255) aCCTCCGGCCTTCAAGGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGGTGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAat < 2:554672/289‑1 (MQ=255) ccTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGATCGGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTTCGCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTTCGGCAata > 1:1034991/1‑289 (MQ=255) 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TGACTGACGACCAGCTGAATATCACCCCACCTCCGGACGTCAACGGTCTGAAAAAGGATCCATCCTTAAGTTTGTACGCCATTCCTGACGGTGATGTGAAAGGTCGCGTGGTAGCGATTTTACTTAATGATGAAGTGAGAAGCGCAGACCTTCTGGCCATTCTCAAGGCGCTGAAGGCCAAAGGCGTTCATGCCAAACTGCTCTACTCCCGAATGGGTGAAGTGACTGCGGATGACGGTACGGTGTTGCCTATAGCCGCTACCTTTGCCGGTGCAC‑CTAGCCTGACGGTCGATGCGGTCATTGTCCCTTGCGGCAATATCGCGGATATCGCTGACAACGGCGATGCCAACTACTACCTGATGGAAGCCTACAAACACCTTAAACCGATTGCGCTGGCGGGTGACGCGCGCAAGTTTAAAGCAACAATCAAGATCGCTGACCAGGGTGAAGAAGGGATTGTGGAAGCTGACAGCGCTGACGGTAGTTTTATGGATGAACTGCTAACGCTGATGGCAGCACACCGCGTGTGGAGTCGCATTCCTAAGATTGACAAAATTCCT > CP042583/1497514‑1498073 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |